Форум программистов, компьютерный форум, киберфорум
Наши страницы
SETI25
Войти
Регистрация
Восстановить пароль
Оценить эту запись

Новый тип рабочей группы и новые члены команды для FightAIDS @ Home - Фаза 2

Запись от SETI25 размещена 07.09.2019 в 14:39

Новый тип рабочей группы и новые члены команды для FightAIDS @ Home - Фаза 2
Автор: исследовательская группа FightAIDS @ Home
28 февраля 2019 г. Резюме
FightAIDS @ Home - Фаза 2 выпустила новый, более эффективный тип рабочей единицы. Они также добавили четырех новых членов в свою исследовательскую группу.
Новые рабочие единицы
В течение последних полутора лет исследовательская группа из Университета Темпл тесно сотрудничала с разработчиками программного обеспечения World Community Grid (в частности, с Китом Аплингером и Джонатаном Армстронгом) для создания и реализации схемы симуляции, которая более точно имитирует симуляции, выполняемые в не-сетке. вычислительные ресурсы. Этот новый протокол выборки называется асинхронным обменом репликами.
Как работает асинхронная реплика Exchange
Предыдущий процесс: Множество копий комплекса белок-лиганд (структура, состоящая из соединения-кандидата лекарственного средства, присоединенного к белковому рецептору) было разослано многим добровольцам и моделируется без взаимодействия друг с другом. Коллективная информация от всех этих симуляций объединяется во время анализа в самом конце.
Новый процесс: Асинхронный обмен репликами позволяет совместно использовать информацию из разных копий и динамически обмениваться между всеми копиями после моделирования. Этот процесс дает правильную статистическую физику равновесия, необходимую для нашего анализа.
Асинхронный обмен репликами резко повышает эффективность вычислений. Это означает, что, помимо того, что это более ценно с точки зрения анализа, можно одновременно увеличить количество одновременно запущенных партий, и у каждой партии будет меньше общее время моделирования.
Мы впервые создали этот новый метод на нашей собственной сети BOINC в Temple University. В течение последних полутора лет разработчики программного обеспечения World Community Grid работали с нами, чтобы протестировать, усовершенствовать и в настоящее время внедрить ту же технику на платформе World Community Grid. Это усилие является крупнейшим моделированием обмена репликами (на два порядка) из когда-либо выполненных.
Для получения дополнительной информации об этой работе, смотрите эти две статьи:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.23996/abstract
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0010465515002556
Новые члены команды
Мы рады приветствовать четырех новых членов Levy Group в качестве членов исследовательской группы для проекта FightAIDS @ Home.
Бин Чжан
Доцент, профессор
Бин Чжан - адъюнкт-профессор из группы Рона Леви в университете Темпл. Он имеет степень доктора философии по физике в Университете Питтсбурга. Бин присоединился к группе доктора Леви в 2013 году. Его исследования направлены на разработку современных алгоритмов отбора проб и повторного взвешивания в биофизике и компьютерном моделировании.
Ди Куи
Доцент, профессор
Доктор Ди Куи - вычислительный химик, интересующийся биомолекулярным моделированием. В настоящее время он является доцентом кафедры химии в Центре биофизики и вычислительной биологии Университета Темпл. Его исследования были сосредоточены на понимании механизмов и оценке аффинности связывания низкомолекулярных лигандов с белковыми активными центрами с использованием молекулярно-динамического моделирования. Его текущая работа включает применение методов молекулярного моделирования для анализа сродства связывания с целевыми белками с целью создания новых молекул лигандов, которые могли бы служить в качестве лидов и оптимизированных соединений для открытия лекарств.
Авик Бисвас
Аспирант
Авик Бисвас в настоящее время учится в аспирантуре по физике в группе Рона Леви в Университете Темпл, Филадельфия. Прежде чем присоединиться к группе Levy в 2016 году, Авик закончил интегрированную BS-MS в Индийском институте образования и исследований в области науки (Бхопал, Индия), где его исследования включали использование молекулярной динамики и методов ab initio (Density Functional Theory) для понимания механики. прокатки графена. В настоящее время его исследования направлены на использование гамильтоновых моделей Поттса эволюционной пригодности белка для изучения взаимосвязей между последовательностью белка, его структурой и приспособленностью, с особым интересом к развитию лекарственной устойчивости при ВИЧ.
Шима Арастех
Аспирант
Шима Арастех - аспирант из группы Рона Леви в Темплском университете. Она имеет степень бакалавра по физике и степень магистра по биофизике в Тегеранском университете. Прежде чем присоединиться к группе доктора Леви в 2015 году, ее исследования были сосредоточены на функциях и стабильности мембранных ионных каналов. В настоящее время она изучает конформационные переходы протеинкиназ и разрабатывает усовершенствованные алгоритмы для измерения изменений свободной энергии этих переходов.
Спасибо всем, кто поддерживает FightAIDS @ Home. Мы не могли бы сделать это без вашей пожертвованной вычислительной мощности.
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php
Размещено в Без категории
Просмотров 26 Комментарии 0
Всего комментариев 0
Комментарии
 
КиберФорум - форум программистов, компьютерный форум, программирование
Powered by vBulletin® Version 3.8.9
Copyright ©2000 - 2019, vBulletin Solutions, Inc.