Форум программистов, компьютерный форум, киберфорум
Наши страницы
С++ для начинающих
Войти
Регистрация
Восстановить пароль
 
Рейтинг: Рейтинг темы: голосов - 33, средняя оценка - 4.91
Nikita2009
103 / 102 / 10
Регистрация: 12.09.2009
Сообщений: 453
#1

Как скомпилировать исходник Gromacs на Windows - C++

12.09.2009, 21:14. Просмотров 4399. Ответов 17
Метки нет (Все метки)

Приветствую участников форума!

Я здесь новичек, поэтому прошу строго не судить.
Суть моей проблемы заключается в том что я не знаю с чего начать компиляцию исходника программы Gromacs (на Windows XP 32-bit).
Просьба также подсказать каким компилятором лучше пользоваться для начинающего... (В наличие есть Dev-C++, Microsoft Visual C++ 6.0).

Заранее благодарю за ответы...
http://www.cyberforum.ru/cpp-beginners/thread1368779.html
0
Надоела реклама? Зарегистрируйтесь и она исчезнет полностью.
Similar
Эксперт
41792 / 34177 / 6122
Регистрация: 12.04.2006
Сообщений: 57,940
12.09.2009, 21:14
Я подобрал для вас темы с готовыми решениями и ответами на вопрос Как скомпилировать исходник Gromacs на Windows (C++):

Как скомпилировать Lammps под windows?
Добрый день! Очень нужна помощь в установке и запуске программы молекулярной...

Как скомпилировать код из под Windows на mac и linux?
Как скомпилировать код из под windows на mac и linux?

скомпилировать в linux и в windows
как написать программу, которая работает с потоками и процессами так, чтобы она...

Скомпилировать программу под Windows
эта програма работает под юникс, а с виндовс не могу скомпилировать. в чем...

Можно ли скомпилировать программу для Windows из под linux?
Можно ли скомпилировать программу для windows из под linux?

17
zim22
depict1
276 / 141 / 4
Регистрация: 11.07.2009
Сообщений: 606
12.09.2009, 21:17 #2
Цитата Сообщение от Nikita2009 Посмотреть сообщение
Microsoft Visual C++ 6.0
поменять его Microsoft Visual C++ 2008
Цитата Сообщение от Nikita2009 Посмотреть сообщение
Суть моей проблемы заключается в том что я не знаю с чего начать компиляцию исходника программы Gromacs
c создания нового проекта и добавлением в него файлов Gromacs
0
Nikita2009
103 / 102 / 10
Регистрация: 12.09.2009
Сообщений: 453
12.09.2009, 21:31  [ТС] #3
Спасибо за совет, но просьба подсказать какой именно нужно создавать проект (например: dll, exe и др.)

Загвоздка в том, что исходник Gromacs состоит из множества папок: admin, man, src, config, scripts, include, share, а также 10-ти файлов (Makefile, configure, instal и др.)
0
zim22
depict1
276 / 141 / 4
Регистрация: 11.07.2009
Сообщений: 606
12.09.2009, 22:27 #4
тыкнув пальцем в небо скажу, что win32 console application проект.
0
Nikita2009
103 / 102 / 10
Регистрация: 12.09.2009
Сообщений: 453
12.09.2009, 22:37  [ТС] #5
А какие именно файлы туда "вкидывать"?
0
easybudda
Модератор
Эксперт CЭксперт С++
10021 / 5944 / 1483
Регистрация: 25.07.2009
Сообщений: 11,230
12.09.2009, 22:59 #6
Цитата Сообщение от Nikita2009 Посмотреть сообщение
А какие именно файлы туда "вкидывать"?
Если это оно:
Stable release 4.0.5 / 2009-05-09; 3 months ago
Written in C
Operating system Linux, Windows by Cygwin
Type Simulation
License GNU General Public License
Website http://www.gromacs.org/
то никакие VisualStudio использовать не прийдётся! Прийдётся установить cygwin (www.cygwin.com) обязательно вместе с компилятором gcc. Потом в cygwin-овской консоли перейти в папку с исходником и там
Код
./configure
make
make install
При определённой доле везения должно собраться и заработать. Но опять же исключительно в cygwin-консоли. Успехов!
0
Nikita2009
103 / 102 / 10
Регистрация: 12.09.2009
Сообщений: 453
12.09.2009, 23:44  [ТС] #7
Вот что написано в инструкции для компилирования... (Gromacs 4.0.5)

инструкция
/* Only use this file if you are compiling Gromacs in a
* native Microsoft Windows Enviroment. You should NOT
* use it for cygwin.
*
* And, DO read this text before building things :-)
*
* First, if you are using visual C++ you could try to
* download the build workspace files from ftp.gromacs.org.
* You can find them in the pub/developer directory.
*
* Even if you are using the build workspace - first
* copy config.win to config.h in the src directory, and
* make sure the Gromacs version defined in that file is
* the same as in configure.ac.
*
* (Dont rename it since config.h can be overwritten
* by the configure script if you later use e.g. cygwin).
*
* You will also need the FFTW libraries for windows. Grab
* the precompiled version from ftp.gromacs.org/pub/developer,
* or use the build environment from the same place and compile
* it yourself. Place the libraries and include files somewhere
* where they are included automatically, e.g.
* \program files\Microsoft Visual Studio\VC98\Include,Lib
*
* I don't plan on updating the build environment, so you might
* find that filenames, etc, have changed. In that case, here's
* a short description of how to do it:
*
* Always define -DHAVE_CONFIG_H when you build, and include
* the current, src (..) and the include directories. Use optimization
* flags :-)
*
* 1. Build the innerloop generating program in the gmxlib
* directory. Use all the mkinl*.c sources and metacode.c
* Call the output program 'mkinl'.
*
* 2. Run it as 'mkinl c' to create the inner loops in
* the file innerc.c.
*
* 3. Compile gmxlib into a library. Look at the filelists
* in Makefile.am to see which files should be in it.
* In general, include everything except xml stuff
* (*xml*, it will have to wait for gmx4), powerpc specific
* stuff (*altivec*), motif stuff (*mgmx*, widget*),
* fortran files (f77*), and of course the innerloop files
* (mkinl*, metacode*). Don't use the fortran sources.
*
* Include the assembly file x86_cpuid.s. If you use
* single precision you should also use x86_sse.s and
* x86_3dnow.s, and for double prec. x86_sse2.s instead.
* To build these files you need the free 'nasm' assembler.
* You can find a version that supports extended 3dnow and sse
* at the gromacs ftp site. Use it like:
*
* nasm -f win32 x86_cpuid.s
*
* 4. Build the mdlib library from all the files in
* src/mdlib. Skip the fortran files (*.f).
*
* 5. Compile and link all the programs in kernel and
* tools. They should all be linked with the two
* libraries above. Look at the Makefile.am in each
* directory for descriptions of which files are
* included in each binary. For instance, mdrun consists of the files:
*
* glaasje.c gctio.c init_sh.c ionize.c do_gct.c relax_sh.c
* xutils.c md.c mdrun.c genalg.c
*/

/* You might have to update the version number in this file.
* To compile in double precision:
* 1) Define GMX_DOUBLE below
* 2) Check that we use the right FFTW name prefix for double below */

#define PACKAGE "gromacs"

#define VERSION "3.1.99"
/* #undef GMX_DOUBLE */

/* This is just the *default* library directory. Before looking here
* the program will try to find it relative to the location of the
* binary you are running. This is only used by grompp and other programs
* that create/edit topologies.
*/
#define GMXLIBDIR "C:\\program files\\gromacs\\share\\top"

/* Windows doesnt have SIGUSR, so we use SIGBREAK instead */
#define SIGUSR1 SIGBREAK

#define RETSIGTYPE void

#ifdef GMX_DOUBLE
# define FFTW_NAME_FFTW
#else
# define FFTW_NAME_SFFTW
#endif
/* You could also use FFTW_NAME_DFFTW for double prec,
* or FFTW_NAME_FFTW for single. You should get compiler warnings
* if your headers don't match, but we do not check the libraries.
*/

#define HAVE_LIMITS_H

#define HAVE_MEMORY_H

#define HAVE_STDLIB_H

#define HAVE_STRDUP

#define HAVE_STRING_H

#define HAVE_SYS_STAT_H

#define HAVE_SYS_TYPES_H

#define HAVE_VPRINTF

#define SOFTWARE_SQRT

#define STDC_HEADERS

/* Remove these defines to disable assembly loops */
#ifdef GMX_DOUBLE
# define USE_X86_SSE2
#else
# define USE_X86_SSE_AND_3DNOW
#endif

#define X_DISPLAY_MISSING

#define NO_PWUID

/* Pipe system calls */
#define popen _popen
#define pclose _pclose

/* not defined in sys/types on windows */
#define gid_t int

/* not defined in sys/types on windows */
#define uid_t int

/* No error function on windows, use our own */
#define erf(x) gmx_erf(x)
#define erfc(x) gmx_erfc(x)

#define inline __inline
1
Andrew_phase
0 / 0 / 0
Регистрация: 23.09.2009
Сообщений: 5
23.09.2009, 19:37 #8
[QUOTE=Nikita2009;265812]Вот что написано в инструкции для компилирования... (Gromacs 4.0.5)

не могли бы вы сказать, где можно скачать Gromacs 4.0.5 ? (под Windows XP
Заранее благодарен
0
Nikita2009
103 / 102 / 10
Регистрация: 12.09.2009
Сообщений: 453
23.09.2009, 20:45  [ТС] #9
Такой версии еще нет под Виндовс нет.... Только 3 есть...
0
Ivan Ivanovich
2 / 2 / 0
Регистрация: 14.09.2009
Сообщений: 4
24.09.2009, 11:09 #10
На офсайте http://www.gromacs.org для работы под Windows доступны для скачивания несколько версий:
1. Работаем с Громаксом для Линукса, используя при этом для Винды эмулятор Линукса - Cygwin http://www.gromacs.org/index.php?tit...s/Cygwin_HOWTO.
2. Работаем под Виндовз без эмулятора - но версия старая 3.1.1. http://www.gromacs.org/index.php?tit...F%2FMS_Windows (самая нижняя версия)
И вот доступные для скачивания исходники http://www.gromacs.org/index.php?title=Download_%26_Installation
1
Andrew_phase
0 / 0 / 0
Регистрация: 23.09.2009
Сообщений: 5
24.09.2009, 21:56 #11
Цитата Сообщение от Ivan Ivanovich Посмотреть сообщение
На офсайте http://www.gromacs.org для работы под Windows доступны для скачивания несколько версий:
1. Работаем с Громаксом для Линукса, используя при этом для Винды эмулятор Линукса - Cygwin http://www.gromacs.org/index.php?tit...s/Cygwin_HOWTO.
2. Работаем под Виндовз без эмулятора - но версия старая 3.1.1. http://www.gromacs.org/index.php?tit...F%2FMS_Windows (самая нижняя версия)
И вот доступные для скачивания исходники http://www.gromacs.org/index.php?title=Download_%26_Installation

я скачал исходник gromacs-3.3.1.tar.gz с www.gromacs.ru. Достаточно ли будет его откомпилировать Visual Studio 2005 или потребуется что-либо ещё?
0
Anddry_
0 / 0 / 0
Регистрация: 24.09.2009
Сообщений: 1
27.09.2009, 15:05 #12
Я тоже хочу скомпилировать GROMACS, причем на Visual Studio без всяких цигвинов и прочих недопингвинов. Нужно для визуальной отладки и возможности дописать свой код. (Просьба не указывать что лежит на оффсайте, это я и сам могу посмотреть)
0
Nikita2009
103 / 102 / 10
Регистрация: 12.09.2009
Сообщений: 453
27.09.2009, 17:26  [ТС] #13
я скачал исходник gromacs-3.3.1.tar.gz с www.gromacs.ru. Достаточно ли будет его откомпилировать Visual Studio 2005 или потребуется что-либо ещё?
Я долго изучал этот вопрос, везде советуют использовать Cygwin
0
Andrew_phase
0 / 0 / 0
Регистрация: 23.09.2009
Сообщений: 5
28.09.2009, 17:28 #14
Цитата Сообщение от Nikita2009 Посмотреть сообщение
Я долго изучал этот вопрос, везде советуют использовать Cygwin
поставил cygwin-1.7. Затем скачал исходник gromacs-4.0.5.tar, распаковал его. Не подскажите, где можно взять (и как установить) gcc, чтобы его скомпилировать?
0
Ivan Ivanovich
2 / 2 / 0
Регистрация: 14.09.2009
Сообщений: 4
28.09.2009, 18:21 #15
я скачал исходник gromacs-3.3.1.tar.gz с www.gromacs.ru. Достаточно ли будет его откомпилировать Visual Studio 2005 или потребуется что-либо ещё?
Боюсь что много "что-либо ещё"
Я тоже хочу скомпилировать GROMACS, причем на Visual Studio без всяких цигвинов и прочих недопингвинов.
Я этих пингвинов тоже терпеть не могу, тем более эмулятор для Громакса - это потеря производительности. Предлагаю вместе заняться компилированием GROMACS.
Я долго изучал этот вопрос
Я бы не останавливался на этом этапе, а начал бы заниматься собственно компилированием, поскольку на офсайте есть нормальная и рабочая версия GROMACS 3.1.1 под Виндовз откомпилированная живым человеком - что мешает откомпилировать 4.0.5? - множество вопросов....
Для начала есть инструкция для компилирования - находится в папке GROMACS\src\config.win - качаем, читаем и начинаем обсуждать.
А товарищу Nikita2009 рекомендуем присоединиться, включить в работу мозх и начинать думать
0
Andrew_phase
0 / 0 / 0
Регистрация: 23.09.2009
Сообщений: 5
29.09.2009, 14:44 #16
Цитата Сообщение от Ivan Ivanovich Посмотреть сообщение
Я бы не останавливался на этом этапе, а начал бы заниматься собственно компилированием, поскольку на офсайте есть нормальная и рабочая версия GROMACS 3.1.1 под Виндовз откомпилированная живым человеком - что мешает откомпилировать 4.0.5? - множество вопросов....
поспрашивал у пользовавшихся (но не устанавливавших) gromacs'ом, они сказали, что GROMACS 3.1.1 под Виндовз - медленная однопоточная версия, в то время как GROMACS 4.0.5 - распарралелена на несколько (то ли 4, то ли 8) потоков
0
Ivan Ivanovich
2 / 2 / 0
Регистрация: 14.09.2009
Сообщений: 4
29.09.2009, 18:36 #17
Я являюсь начинающим пользователем GROMACS - поэтому всех тонкостей пока не знаю, но в версии 3.1.1 отсутствуют многие дополнительные команды, по сравнению с версией 4.0.5. Связываться с Линуксом очень неудобно, поэтому хотелось бы иметь в своем распоряжении GROMACS 4.0.5 под Виндовз.
0
Andrew_phase
0 / 0 / 0
Регистрация: 23.09.2009
Сообщений: 5
01.10.2009, 16:39 #18
Цитата Сообщение от Ivan Ivanovich Посмотреть сообщение
Я являюсь начинающим пользователем GROMACS - поэтому всех тонкостей пока не знаю, но в версии 3.1.1 отсутствуют многие дополнительные команды, по сравнению с версией 4.0.5. Связываться с Линуксом очень неудобно, поэтому хотелось бы иметь в своем распоряжении GROMACS 4.0.5 под Виндовз.
Я такой же точно начинающий, поэтому пока решил действовать через cygwin, хотя хотелось бы прямо в windows компилировать.

Вот одна из ссылок, которая м.б. поможет поставить версию GROMACS 4.0.5:

http://www.mail-archive.com/gmx-users@gromacs.org/msg24342.html

К сожалению, здесь не напрямую, а всё через ту же эмуляцию linux'а (cygwin) что может сильно замедлить работу
0
01.10.2009, 16:39
MoreAnswers
Эксперт
37091 / 29110 / 5898
Регистрация: 17.06.2006
Сообщений: 43,301
01.10.2009, 16:39
Привет! Вот еще темы с решениями:

Как скомпилировать приложение
Подскажите, пжлст, какие настройки нужны для того чтоб программа...

Как скомпилировать PCRE?
Здравствуйте! Хочу скомпилировать PCRE v1 (8.40). Где найти нужную версию...

Как скомпилировать программу?
Собственно здрасвстуйте сейчас решил учить С++ но дошел до создание простой...

Как скомпилировать программу?
Решил начать изучение С++. Есть опыт VB и C#. Сейчас сижу под линуксом. Скачал...


Искать еще темы с ответами

Или воспользуйтесь поиском по форуму:
18
Ответ Создать тему
Опции темы

КиберФорум - форум программистов, компьютерный форум, программирование
Powered by vBulletin® Version 3.8.9
Copyright ©2000 - 2018, vBulletin Solutions, Inc.
Рейтинг@Mail.ru