@SI

Здравствуйте!

Есть небольшая проблема. Требуется открыть файлы формата .edf в MATLAB. Мне говорили, что такое возможно сделать, но сам я сколько не бился, так и не разобрался.
Файл представляет собой запись нескольких каналов биологических сигналов в программе NEOCORTEX на базе усилителя NVX32.
Буду очень благодарен, если кто-то поделится решением и, если можно, более подробным (не так давно занимаюсь всем этим).

0

@Nick07

Это оно?

Reads data from ALL RECORDS of file fname ('*.edf').
Read European Data Format file into MATLAB :
http://www.mathworks.com/matla... 00-edfread

0

@SI

Да, первым делом смотрел там.
Но дело в том, что сам матлаб отказывается понимать функцию edfread. По всей видимости он требует отдельного скрипта или пакета. Где то на том же сайте почитал что нужно установить расширение BioSig Tools (где есть библиотека с данной функцией), но не смог его найти.
Так или иначе, русскоязычных источников нету, а англоязычные ограничиваются скудными комментариями, которые новичку непонятны. Потому и обратился на форум, вдруг кто дело имел

0

@Nick07

Эта посвежее (2 июля 2014 (Обновлено 2 июля 2014 ):
http://www.mathworks.com/matla... edfread2.m

А если Автору (Matt Fifer) отправить свой EDF-файл, пусть его прочитает.

2

@SI

Спасибо большое!

0

@minore

Здравствуйте. получилось разобраться? просто этот вопрос и для меня актуален, и так же как и вам тогда, не удается разобраться. а также мне бы его сконвертировать в другой вид. например в excel или txt

0

@Том Ардер

На сайте PhysioNet огромный набор реальных и тестовых записей в различных форматах, а также кода и программ для их обработки. Напр.
http://www.physionet.org/physi... ig-matlab/

1

@KorablTeseya

Та же задача... Посоветовали осваивать fieldtrip, но я и матлаб пока вообще не знаю. Нужна пошаговая инструкция "для чайников" >.< Продираюсь сквозь дебри туториалов на сайте филдтрипа, но там про обработку данных в файле, а вот что сделать, чтобы банально открыть, пока не нашла ни слова.

0

@minore

здравствуйте. всеже вам матлаб нужен или нет? если матлаб, то вот пошаговая инструкция: двумя сообщениями ранее 1 из форумчан давал ссылку: тогда алгоритм такой:
1) идем по ссылке http://www.mathworks.com/matla... edfread2.m
2) если есть учетная запись от mathworks, скачиваем файл, и кладем его в папку, в которой будете хранить коды matlab.
3) если учетки нет, либо регистрируемся (2 минуты) и после регистрации переходим к шагу 2 либо в папке с кодами создаем файл с расширением .m и копируем в него код со страницы.
4) запускаем matlab
5) пишем строку присоединения пути, куда вы положили файл:
path(path, name1), где name1 путь до файла. в моем случае, например: name = 'd:\constantin'
6) вызываем функцию, например так: [hdr, dataMat] = edfread2(fname), где fname имя файла, который нужно открыть.
7) получаем hdr переменную со служебной информацией: время начала измерений, дату, ид, максимальное и минимальное значение и т.д., ну вообщем, посмотрите. а также матрицу dataMat, в которой находятся сами измеренные данные.
8) обрабатываете дальше: сохраняете в excel или в другой формат, как больше нравиться.
9) существует много других программ для конвертации данных, но не выполняющих стат. обработку, например, EDFExplorer

1

@KorablTeseya

Добрый вечер! Спасибо за ответ)

Fieldtrip - toolbox для матлаб, так что всё связано) Не могу понять - открыв файл с помощью скрипта edfread, потом можно совершать действия помощью команд fieldtrip, или у второго есть своя команда открытия файла (которую не могу найти).

Мне при попытке сделать по инструкции был выдан ответ, который в прикреплённом скриншоте.

0

@minore

ну, наверно, вы имели ввиду не открытие файла, а его чтение, ибо функция открытия одна и та же fopen . чтение файла расписано например здесь: http://www.fieldtriptoolbox.or... processing ну и раздел ниже соответственно.
насчет скрипта, у меня работает, по вашей проблеме сказать ничего не могу, так как не вижу, и, следовательно, информацию со скринов не воспринимаю. можете скопировать вывод из окна matlab в текстовом виде, тогда, может чем помогу.

1

@KorablTeseya

Спасибо! Раз в fieldtrip эти функции есть, буду их учиться применять...


edfread2

>> [hdr, dataMat] = edfread2('2343.edf')
Warning: EDFREAD: More than one sample per record, might take
a while
> In edfread2 at 169
Warning: MATLAB has disabled some advanced graphics rendering
features by switching to software OpenGL. For more
information, click here.
Error using +
Matrix dimensions must agree.

Error in edfread2 (line 192)
writeIndices{chans} = writeIndices{chans} +
hdr.samples;

0

@minore

ну удалите эту проблемную строку из скрипта, а именно:
writeIndices{chans} = writeIndices{chans} + hdr.samples;
и перезапустите скрипт.
на выходные параметры она все равно не влияет)

1