обновить в базе id через php

# что в таблице было изначально
mysql> SELECT * FROM `test`;
+----+--------+------+
| id | name   | foo  |
+----+--------+------+
|  1 | first  |   42 |
|  2 | first  |   42 |
|  3 | second |   37 |
|  4 | lorem  |   10 |
|  5 | ipsum  |   20 |
|  6 | dolor  |   30 |
+----+--------+------+
6 rows in set (0.00 sec)
 
# удалили какие-то записи
mysql> DELETE FROM `test` WHERE `id` IN (2,3,6);
Query OK, 3 rows affected (0.10 sec)
 
# что осталось в таблице
mysql> SELECT * FROM `test`;
+----+-------+------+
| id | name  | foo  |
+----+-------+------+
|  1 | first |   42 |
|  4 | lorem |   10 |
|  5 | ipsum |   20 |
+----+-------+------+
3 rows in set (0.00 sec)
 
# создаём две вспомогательных переменных
# @count = COUNT(*)
# @i     = 0
mysql> SELECT COUNT(*), 0 INTO @count, @i FROM `test`;
Query OK, 1 row affected (0.00 sec)
 
# обновляем все `id` с конца во избежание ошибок дублирования `id`
mysql> UPDATE `test` SET `id` = @count - (@i := @i + 1) + 1 ORDER BY `id` DESC;
Query OK, 2 rows affected (0.06 sec)
Rows matched: 3  Changed: 2  Warnings: 0
 
# что получилось
mysql> SELECT * FROM `test`;
+----+-------+------+
| id | name  | foo  |
+----+-------+------+
|  1 | first |   42 |
|  2 | lorem |   10 |
|  3 | ipsum |   20 |
+----+-------+------+
3 rows in set (0.00 sec)
 
# осталось получить @count
SELECT @count;
 
# и с помощью ALTER TABLE изменить AUTO_INCREMENT, как уже писали выше

# что было в таблице
mysql> SELECT * FROM `test`;
+----+-------+------+
| id | name  | foo  |
+----+-------+------+
|  1 | first |   42 |
|  4 | lorem |   10 |
|  5 | ipsum |   20 |
+----+-------+------+
3 rows in set (0.00 sec)
 
# создаём новую пустую таблицу с такой же структурой
mysql> CREATE TABLE `test-new` LIKE `test`;
Query OK, 0 rows affected (0.11 sec)
 
# копируем все записи, но не указываем `id`, чтобы он генерировался сам
mysql> INSERT INTO `test-new` (`name`,`foo`) SELECT `name`,`foo` FROM `test` ORDER BY `id`;
Query OK, 3 rows affected (0.04 sec)
Records: 3  Duplicates: 0  Warnings: 0
 
# переименовываем таблицы, подменяем старую на новую
mysql> RENAME TABLE `test` TO `test-old`, `test-new` TO `test`;
Query OK, 0 rows affected (0.08 sec)
 
# старая больше не нужна
mysql> DROP TABLE `test-old`;
Query OK, 0 rows affected (0.07 sec)
 
# что получилось
mysql> SELECT * FROM `test`;
+----+-------+------+
| id | name  | foo  |
+----+-------+------+
|  1 | first |   42 |
|  2 | lorem |   10 |
|  3 | ipsum |   20 |
+----+-------+------+
3 rows in set (0.00 sec)

SET @i = 0;
UPDATE `test` SET `id` = (@i := @i + 1) ORDER BY `id` ASC;