Форум программистов, компьютерный форум, киберфорум
Искусственный интеллект
Войти
Регистрация
Восстановить пароль
 
 
Рейтинг 5.00/4: Рейтинг темы: голосов - 4, средняя оценка - 5.00
0 / 0 / 0
Регистрация: 21.01.2019
Сообщений: 1
1

ПО для моделей и прогнозирования в медицине

21.01.2019, 11:59. Просмотров 808. Ответов 22
Метки нет (Все метки)


Здравствуйте! Подскажите какое ПО, какую библиотеку лучше выбрать для моделей и прогнозирования в медицине?

Архитектура скорее всего будет нужна для обучения с учителем “Перцептрон” или для смешанного обучения “Сеть радиально-базисных функций”, для анализа “Самоорганизующаяся карта Кохонена”, “Нейронная сеть Кохонена”. Или другую выбрать?

По самой платформе тоже вопрос, GPU или CUDA и т.д. что лучше в таком случае? Где хорошо об этом написано применительно к моей теме желательно и на русском тоже?
Может какие-то есть заточенные именно под существующие модели или базы данных медицинских и биохимических данных?

Язык лучше выбирать Python?

Добавлено через 23 минуты
Спасибо за ответы. Уточню, что у нас очень много данных и условий, речь идет о тысячах компонентов и десятках условий для каждого из них. Ищу ПО специально заточенное под это
0
Programming
Эксперт
94731 / 64177 / 26122
Регистрация: 12.04.2006
Сообщений: 116,782
21.01.2019, 11:59
Ответы с готовыми решениями:

хостинг для новостей по медицине
Нужен сайт бесплатный для новостей по медицине. Чтоб не было рекламы или ее было очень мало. И не...

Программа для прогнозирования данных
если кто -то раньше занимался чем то подобным залейте пожалуйста сюда. А то я даже не знаю как...

Регрессионный анализ для прогнозирования событий
Исходные данные Имеются данные о деятельности крупнейших сельскохозяйственных предприятий ...

Создать нейронную сеть для прогнозирования
Добрый день, изучал ваш скрипт, не очень понял правда. Не поможете создать НС для прогнозирования...

22
289 / 256 / 49
Регистрация: 09.01.2018
Сообщений: 878
21.01.2019, 13:14 2
Вы бы начали с того, что-бы определили, какими скилзами уже обладаете. А то отвечать на ваши вопросы студенту-первокурснику и профессиональному медицинскому статистику, специалисту по медицине или технарю или тем более программисту - совершенно разные подходы нужны. Тем не менее попробуем.
Во-первых.
Что означает вот этот дивный оборот
для моделей и прогнозирования
.
Т.е. для вас не очевидно, что модели строятся для того, что-бы прогнозировать, а прогноз делается на основе моделей?
Во-вторых.
Для вас не очевидно, что методы Data Science универсальны? Не важно, диагностируете вы предпочтения покупателя, поломку в автомобиле или заболевания пациента. Все - классификация. А вот интерпретация зависит от предметной области (или "домена" как нынче модно стало говорить), и задачи которую вы решаете.
В-третьих.
Для вас не очевидно, что задача диагностики по результатам лабораторных анализов и анамнеза составленного человеком и диагностика - например - непосредственно по результатам флюорографии или УЗИ - совершенно разные задачи.
Так что речь опять таки, в первую очередь должна идти не о Перцептроне или картах Кохана (кстати, очень редко применяемый в медицинских задачах подход), а о вашей конкретной задаче. А уж от нее - к методу.
Теперь об инструментах.
Вы проводили анализ, какими инструментами именно вашу задачу решают другие специалисты по DS? А то, что решают - не сомневайтесь. У меня в закладках больше двух сотен ссылок (и это далеко не все) - решения медицинских задач методами DS. Совершенно различных областей медицины. И это не считая статей, книг и др. источников, "натянутых" из интернет по этой теме. И для разных задач - разные методы используются. Но практически все из линейки современных методов DS. И нейронные сети, на которые вы сделали акцент - вовсе не доминирующий среди них метод.
Кстати, можете загуглить "ibm watson health" для начала.
Кроме того, в медицине задача "построениям моделей и прогнозов" решается и вполне успешно уже лет 40 (правда, речь идет о мировой медицине, а не о локальной). Рекомендую попробовать посмотреть, что такое "доказательная медицина" прежде, чем пытаться изобретать личный велосипед. Издаются журналы, есть сайты, форумы, печатаются книги - и все в конечном счете о том-же: как решить задачу диагностики и смежные медицинские задачи методами статистики, машинного обучения, датамайнинга, глубокого обучения и нейронных сетей. Ищите.
Кроме того, надо понимать, что медицина очень консервативная область и без точного и принятого сообществом доказательства работоспособности того или иного метода ни один врач не рискнет пользоваться никаким ПО. Потому что отвечать за ошибки придется ему, а не автору программы. И там целая наука подтверждения работоспособности методов и сертификации соответствующего ПО. Так что вот так "взяли какую-то сеточку, обучили, настроили, побежали лечить" - в медицине не получиться.
Теперь о пакетах. Вообще-то очень долго медики полюбляли (настолько, что вообще не воспринимали ничего, что решено с помощью других средств) SAS. Сейчас положение несколько изменилось. Действительно есть множество различных проблемно-ориентированных (и лицензированных) пакетов, но все больше медицинское сообщество стало воспринимать R. Наверное, на сегодня это одна из немногих областей, где R превалирует над Python. Не ясно, сколько это еще продлится, потому про "какой язык лучше выбрать" - опять таки зависит от реальности вашей задачи.
Ну и наконец.
очень много данных и условий, речь идет о тысячах компонентов и десятках условий для каждого из них.
Что такое в вашей терминологии "компонента", что такое "условие"? Если речь идет о записях о пациентах - то это так и называется "запись" или "объект" и "атрибут". И тут тысячами и десятками никого не удивишь. Если речь идет об логических правилах, описывающих конкретный диагноз, то тогда непонятно, о каком обучении идет речь. Постарайтесь все-таки ознакомиться, освоить и применять общепринятую терминологию. И в свете этого что значит
" ПО специально заточенное под это"
. Под что "это"?
В общем, возвращаюсь к тому, с чего начал - описывайте конкретные задачи. Тогда, возможно, и ответы будете получать конкретные. А так - каков вопрос - таков и ответ. Уж не обижайтесь.
0
1068 / 979 / 145
Регистрация: 19.02.2010
Сообщений: 3,016
21.01.2019, 15:55 3
Цитата Сообщение от ksen-pol Посмотреть сообщение
Подскажите какое ПО, какую библиотеку лучше выбрать для моделей и прогнозирования в медицине?
В первую очередь - любое стандартное статистическое
Ибо если нейросетка даст точность (ошибку на тестовой выборке для задач классификации с учителем или задач прогноза, либо остаточную дисперсию для задач визуализации многомерных данных в пространстве новых факторов) хуже, чем у статистических методов - то либо нейросетка криво настроена/обучена, либо она нафиг в этой задаче не нужна (хватает и методов статистики).

Т.е. нейросетка (или любой другой мощный метод машинного обучения) - она не живёт в вакууме. Она должна обязательно сравниваться с некоторым базовым/простейшим решением (в качестве которого выступает линейная регрессия или линейный дискриминант, байесовский классификатор, метод главных компонент и прочая древняя статистика).
Иными словами, возможность нажатия на некоторую кнопочку в некотором ПО - это не гарантия правильной методологии исследования/применения.
0
486 / 395 / 40
Регистрация: 17.07.2013
Сообщений: 2,044
24.01.2019, 09:14 4
Самое главное в работе с нейронными сетями, это не выбор оптимального ПО, не наличие большого количества данных, а способность оценить полученные результаты. В конце концов вы запихнете в НС свои таблички и картинки, получите какие-то цифирки. А дальше что? Как указали выше уважаемые коллеги в деликатной форме, в области медицины цена ошибки очень велика. Решите для себя главный вопрос: ВЫ ИМЕЕТЕ ПРАВО БРАТЬСЯ ЗА РЕШЕНИЕ ТАКОЙ ПРОБЛЕМЫ? А по ночам ничего сниться не будет? Слон в посудной лавке только посуду разобьет, а тут ЛЮДИ. Займитесь лучше кошечками, синтетическими.
Гуманнее поручить решение этой задачи специалистам.
0
Модератор
2767 / 1923 / 418
Регистрация: 26.03.2015
Сообщений: 7,141
24.01.2019, 16:17 5
Цитата Сообщение от Nick07 Посмотреть сообщение
в области медицины цена ошибки очень велика.
Обоснуйте.

Цитата Сообщение от Nick07 Посмотреть сообщение
Слон в посудной лавке только посуду разобьет, а тут ЛЮДИ. Займитесь лучше кошечками, синтетическими.
Зачем так писать, если Вы не владеете информацией о ситуации? Вы уверены, что у ТС нет медицинского образования?
0
486 / 395 / 40
Регистрация: 17.07.2013
Сообщений: 2,044
24.01.2019, 17:00 6
Цитата Сообщение от Shamil1 Посмотреть сообщение
у ТС нет медицинского образования?
Вопрос не об образовании, это формальная сторона + работа принтера.
Главное заключается в том, что ТС задает вопросы по ПО, говорит о наличии данных для обучения НС и совсем не интересуется методами оценки надежности полученных результатов. Даже если упростить ситуацию и от НС спуститься к статистике, по двум точкам коэф корр всегда будет равен 1, а прогноз будет не достоверен. Получить точность классификации близкой к 95% по трейневой выборке достаточно просто, а получить 90% по тестовой - тут надо работать и работать. Понимания этого момента ТС не показал.
Два дня назад имел удовольствие иметь трехчасовой разговор с медицинским специалистом, на пятой минуте получил вопрос о достоверности диагностики, а человек до этого про НС слышал только по ТВ. Таких уважаю. К сожалению магия получения цифирек, да еще на фоне слов о глубоком обучении многих гипнотизирует.

Цитата Сообщение от Shamil1 Посмотреть сообщение
Обоснуйте.
Сам не проверял, но в учебниках по НС встречал это утверждение не однократно. Да и многолетнее общение с медиками к этому приводит. Одна из заповедей Гипократа: "Не навреди".
0
117 / 37 / 9
Регистрация: 29.10.2016
Сообщений: 228
24.01.2019, 17:50 7
Цитата Сообщение от ksen-pol Посмотреть сообщение
Ищу ПО специально заточенное под это
Наверно Вы хотите создать экспертную систему. Под них существуют оболочки. Погуглите Mycin, с нее все началось и вроде бы там уже все есть.
Главная проблема будет в представлении знаний, удобно их просто писать по человечески, потом писать исполнитель этих знаний. А не искать какой-то волшебный движок вывода и потом пытаться впихнуть знания в его язык. Поэтому изучайте Лисп. Можете Хаскель посмотреть, там математики строят новые формальности.

Тут вообще-то советы не работают, нужно чтобы преподаватель или начальник приказывал изучать. Когда освоишь и поймешь, только тогда и оценишь. Поэтому довольно печальная тема, не перспективная. Как в спорте нужно долго издеваться над ни в чем не повинными ребятами, чтобы может быть из одного чего-то получилось. Если нет своего желания то тяжело. А желание появляется только когда начнет получаться.

Русского есть - Финн с его ДСМ-методом и Драгалина-Черная про логику. Лучше с ними встретиться и поговорить. Запишите на диктофон и слушайте, сразу точно не дойдет. Воронцова естественно послушайте, какую-нибудь энциклопедию анализа данных полистайте.
А готовые оболочки не очень помогут. Они все будут не удобные, нужно под каждого эксперта создавать новую, он может хорошо владеет 1% медицины, поэтому там все очень особенное. Разбираться нужно просто в логике, в языке, в медицине, потом эти знания сделать выполнимыми. Готовые системы подойдут только для экспериментов, чтобы посмотреть, что машина действительно может не только экран разукрашивать и шахматные фигурки переставлять, но чего-то спрашивать и отвечать.
0
441 / 344 / 44
Регистрация: 20.09.2014
Сообщений: 2,133
24.01.2019, 18:35 8
Цитата Сообщение от Nick07 Посмотреть сообщение
Сам не проверял, но в учебниках по НС встречал это утверждение не однократно. Да и многолетнее общение с медиками к этому приводит. Одна из заповедей Гипократа: "Не навреди".
А вы пойдите к клинику и пожалуйтесь на боль в ноге или в голове, при этом чтобы видимых симптомов не было. И послушайте доктора. Он скажет, что вам на всякий случай нужно скинуть вес на 10-15 кг, возможно причина в злоупотреблении алкоголем или просто повышенное давление. Можно сдать анализ мочи и кала, но вероятность, что анализы покажут причины низкая. Потом пойти к хирургу и эндокринологу, спросить у них.
Про какие вы тут "не навреди" судачите? Непонятно... боитесь медицины?
0
486 / 395 / 40
Регистрация: 17.07.2013
Сообщений: 2,044
24.01.2019, 19:07 9
Цитата Сообщение от Mikhaylo Посмотреть сообщение
А вы пойдите к клинику и пожалуйтесь
Почувствую, и это в жизни бывает.
Цитата Сообщение от Mikhaylo Посмотреть сообщение
Про какие вы тут "не навреди" судачите?
Это не я, это медицинская этика.
0
441 / 344 / 44
Регистрация: 20.09.2014
Сообщений: 2,133
24.01.2019, 20:40 10
Вы выступаете в роли эксперта данных, дата сайентиста, машинообучателя. И говорите о каких-то абстрактных клятвах и этиках. А реальность где?
0
486 / 395 / 40
Регистрация: 17.07.2013
Сообщений: 2,044
24.01.2019, 21:14 11
Цитата Сообщение от Mikhaylo Посмотреть сообщение
Вы выступаете в роли
Пожалуйста внимательнее читайте то, что я пишу и не придумывайте.
Позвольте не отвечать далее на Ваши вопросы. Спасибо.
0
289 / 256 / 49
Регистрация: 09.01.2018
Сообщений: 878
24.01.2019, 23:30 12
Коллеги, вы чего?
Ну представьте, вы создали сеть, обучили, настроили, запустили в клинике. Пришел больной, ваша сетка ему поставила диагноз, назначила лекарства - а больной возьми и умри. Или наоборот, не распознала заболевания (те самые ошибки, которые неизбежны, пусть с малой вероятностью в любой системе Маш.Обучения)и не назначила необходимого речения. В приличной стране (!!) страховая компания подает в суд, суд обращается в клинику, клиника заявляет - а это вот эта вот программка диагноз поставила. А вот ее автор. Вот его автора и судите. Готовы выступить ответчиком? Я даже не хочу говорить, а кто хотел-бы оказаться на месте пациента.

Еще раз, я говорю про развитые страны, но и до постСССР это дойдет. И врач, которые при боле в ноге вместо лечения посоветует сбросить вес, в приличной стране очень быстро сам окажется без врачебной лицензии, а может и того хуже.
На то используются т.е. "протоколы лечения", "протоколы обследования" - сертифицированные и утвержденные. И если врач этих протоколов придерживается - то суд его оправдает в любом случае, а если на пол шага отступил - то можно сушить сухари.

Не даром я в первом же своем посте написал про сертификацию любого ПО в медицинской практике (например, в тех же США - ознакомьтесь на досуге: http://www.kmis.ru/blog/fda-mo... specheniia). И это про простое ПО -я не говорю о том, как сложно менять любой "протокол лечения" - это еще более сложная процедура.
Но будем считать, что ТС имеет базовое медицинское образование, в отличии от большинства здесь присутствующих.
И просто, находится в эйфории маркетингового шума и прочей рекламной трескотни, решил, что НС - это просто и это надежно. Мне кажется, что мы как минимум должны ТС глаза раскрыть и о предстоящих сложностях рассказать. А не обнадеживать его. А если нет у ТС мед.образования (а образования в области Data Science у него точно нет)- то ситуация еще более грустная.
Шла бы речь о другом домене применения -я бы вообще промолчал. Но ИИ в медицине - это все-таки не то же самое, что ИИ в ритейле или в распознавании личности по фотографии. И любителям сюда лезть точно не стоит.
0
486 / 395 / 40
Регистрация: 17.07.2013
Сообщений: 2,044
24.01.2019, 23:38 13
Цитата Сообщение от passant Посмотреть сообщение
И любителям сюда лезть точно не стоит
+++
0
441 / 344 / 44
Регистрация: 20.09.2014
Сообщений: 2,133
25.01.2019, 05:12 14
Цитата Сообщение от passant Посмотреть сообщение
Ну представьте, вы создали сеть, обучили, настроили, запустили в клинике.
Не надо фантазировать и читать между строчками.
0
486 / 395 / 40
Регистрация: 17.07.2013
Сообщений: 2,044
25.01.2019, 10:41 15
Цитата Сообщение от Mikhaylo Посмотреть сообщение
Не надо фантазировать и читать между строчками
Согласен на все 100%. Это не фантазии, именно такие вопросы и обсуждаю с медиками.
0
Модератор
2767 / 1923 / 418
Регистрация: 26.03.2015
Сообщений: 7,141
25.01.2019, 11:12 16
Цитата Сообщение от Nick07 Посмотреть сообщение
Сам не проверял, но в учебниках по НС встречал это утверждение не однократно. Да и многолетнее общение с медиками к этому приводит. Одна из заповедей Гипократа: "Не навреди".
Цена ошибки может быть велика там, где ПО управляет оборудованием.
Цена ошибки может быть велика там, где ПО выполняет сложный расчёт, который человек проверить не в состоянии. Например, прогноз погоды.

Цитата Сообщение от passant Посмотреть сообщение
Ну представьте, вы создали сеть, обучили, настроили, запустили в клинике. Пришел больной, ваша сетка ему поставила диагноз, назначила лекарства - а больной возьми и умри.
Экспертная система не назначает лекарства. Она даёт рекомендации врачу, а тот уже принимает решение.

Цитата Сообщение от passant Посмотреть сообщение
Или наоборот, не распознала заболевания (те самые ошибки, которые неизбежны, пусть с малой вероятностью в любой системе Маш.Обучения)и не назначила необходимого речения. В приличной стране (!!) страховая компания подает в суд
Вы, когда код пишите или баги фиксите, если решение проблемы нагуглить не можете, то сразу подаёте в суд на гугл или стаковерфлоу?

Цитата Сообщение от passant Посмотреть сообщение
В приличной стране (!!) страховая компания подает в суд, суд обращается в клинику, клиника заявляет - а это вот эта вот программка диагноз поставила. А вот ее автор. Вот его автора и судите.
А автор программы говорит, что ему Вася Ниточкин на форуме посоветовал данный тип НС использовать. Вот его и судите.

Добавлено через 2 минуты
Цитата Сообщение от Nick07 Посмотреть сообщение
Вопрос не об образовании, это формальная сторона + работа принтера.
Как это вопрос не об образовании? Возможно, Вы человеку с медицинским образованием советуете бросить медицину и заняться кошечками.
0
486 / 395 / 40
Регистрация: 17.07.2013
Сообщений: 2,044
25.01.2019, 14:37 17
Цитата Сообщение от Shamil1 Посмотреть сообщение
Вы человеку с медицинским образованием советуете бросить медицину и заняться кошечками.
Так я это исключительно из человеколюбия, пусть уж кошечек распознает, чем наши болячки. Ну не доверяю я этому ТС. Сразу видно, что не одного крупного проекта он не реализовывал, никакой командой он не руководил, и самое главное у него нет ЧУВСТВА ОТВЕТСТВЕННОСТИ. Или, если по медицинской части, куда-то в глухой край, где вообще врача в глаза не видели, а он хоть зеленкой помажет.

Предлагаю дискуссию закончить, пардон, отвечать больше не буду, время жалко.
0
117 / 37 / 9
Регистрация: 29.10.2016
Сообщений: 228
25.01.2019, 15:17 18
Зеленкой тоже убить можно. У больного серьезная болезнь, его намажут и он уйдет помирать. Народ начнет думать, что тот умер от зеленки. Когда таких накопится много Михайло насчитает статистику и будет со ссылками на Воронцова заявлять что действительно зеленка виновата.
0
47 / 15 / 1
Регистрация: 26.08.2017
Сообщений: 162
25.01.2019, 15:24 19
Цитата Сообщение от NO_ Посмотреть сообщение
Зеленкой тоже убить можно. У больного серьезная болезнь, его намажут и он уйдет помирать. Народ начнет думать, что тот умер от зеленки.
Всё зависит от репутации врача, если он уважаемый светила науки, то неважно умрёт или родится пациент и сколько умрёт или родится пациентов, всё было сделано идеально, но если новичок лечит, без репутации, или с подмоченной репутацией, какой нибудь провинциал или деревенский врач, пускай мудрый и опытный, если вылечит то оно бы и так прошло, нет никакой заслуги, а если умрёт то врач виноват, потому что плохой врач. Репутация - самое главное.
0
Модератор
2767 / 1923 / 418
Регистрация: 26.03.2015
Сообщений: 7,141
25.01.2019, 16:18 20
Цитата Сообщение от NO_ Посмотреть сообщение
Зеленкой тоже убить можно.
Зелёнку выписывает врач под свою ответственность. Так что программа не виновата.

з.ы. Я не думаю, что где-нибудь в мире есть больница без врачей (где лечение выбирает ПО).
0
IT_Exp
Эксперт
87844 / 49110 / 22898
Регистрация: 17.06.2006
Сообщений: 92,604
25.01.2019, 16:18

Заказываю контрольные, курсовые, дипломные и любые другие студенческие работы здесь или здесь.

Реализовать генетический алгоритм для прогнозирования
Реализация генетического алгоритма для прогнозирования в matlab

Программа для прогнозирования исхода матча
Здравствуйте.Я хочу заняться программированием,идея возникла пару недель назад ,так как я не знал...

Программа для прогнозирования потребления электроэнергии
Здравствуйте необходимо написать программу для прогнозирования потребления электроэнергии. ...

Нужна библиотека для прогнозирования данных
Добрый вечер. Есть ли такие библиотеки(либо что-то другое) для PHP которые могут по имеющимся...


Искать еще темы с ответами

Или воспользуйтесь поиском по форуму:
20
Ответ Создать тему
Опции темы

КиберФорум - форум программистов, компьютерный форум, программирование
Powered by vBulletin® Version 3.8.9
Copyright ©2000 - 2021, vBulletin Solutions, Inc.