Форум программистов, компьютерный форум, киберфорум
Programma_Boinc
Войти
Регистрация
Восстановить пароль
Рейтинг: 1.00. Голосов: 3.

Обновленная информация об исследовании от команды MCM (апрель 2023 г.)

Запись от Programma_Boinc размещена 04.06.2023 в 09:59

Обновленная информация об исследовании от команды MCM (апрель 2023 г.)


Исследование биомаркеров рака легких, проведенное командой MCM, выявило 26 генов, которые присутствуют с высшими баллами по всем рассматриваемым размерам подписи. Это обновление фокусируется на потенциальном гене-биомаркере под названием FARP1, который связан с метастазированием рака легких.

Проект: Картирование маркеров рака

Опубликовано: 28 апр 2023

Фон

Проект «Картирование маркеров рака» направлен на выявление маркеров, связанных с различными типами рака, с целью выявления биомаркеров для раннего выявления рака, выявления пациентов с высоким риском и настройки лечения для отдельных пациентов. На сегодняшний день волонтеры WCG по всему миру пожертвовали проекту более 818 200 процессоро-лет. Спасибо всем за вашу поддержку.

В нашем предыдущее обновление проекта MCM, мы начали вводить предполагаемые биомаркеры рака легких, которые присутствуют с высшими баллами по всем рассматриваемым размерам подписи. Первое обновление было сосредоточено на VAMP1, гене, связанном с выживаемостью пациента и дифференциально экспрессируемом в нормальном легком по сравнению с раком легких. Это обновление подчеркивает потенциальный ген биомаркера под названием FARP1, который связан с метастатическим развитием.

Новые разработки

Белок, кодируемый FARP1, представляет собой фактор обмена гуаниновых нуклеотидов, который играет роль в образовании и росте дендритов. FARP1 может быть обнаружен в клеточных мембранах, цитоплазме, синапсах и дендритах (Юнипрот). Поскольку и VAMP1, и FARP1 связаны с синапсами, мы исследовали, взаимодействуют ли эти два белка вместе.

Пока они не взаимодействуют напрямую (ИУР; Integrated Interaction Database) у них есть два взаимодействующих партнера, РАБ6А и АПБА1. RAB6A играет роль в развитии проекции нейронов, в то время как APBA1 регулирует APP (белок-предшественник амилоида болезни Альцгеймера) и, как полагают, играет роль в секреции синаптических везикул.

Ни RAB6A, ни APBA1 не присутствуют в верхнем 99-м процентиле, но они предполагают, что действительно существует нейронный сигнал, связанный с двумя интересующими нас белками — VAMP1 и FARP1. Важность этого открытия связана с трудной для изучения связью между раком легких и одним из наиболее частых мест метастазирования: мозгом[1]. Более того, было показано, что FARP1 является одним из ключевых факторов миграции и инвазии при раке легких[2].

Таким образом, мы решили продолжить исследование важности этого гена, используя внешние наборы данных. FARP1 является потенциальным диагностическим биомаркером, похожим на VAMP1, как показано на рисунке 1. Кроме того, FARP1 дифференциально экспрессируется в метастатических образцах, усиливая связь между молекулярной функцией этого белка и фенотипом, который он может помочь развить.

Рисунок 1. Экспрессия FARP1 в нормальных образцах, раке легких и метастатических образцах.

cBioPortal показывает, что FARP1 в значительной степени связан со статусом курения пациентов, и в соответствии с mirDIP, на него нацелены has-mir-105 (микроРНК, специфичная для бывших курильщиков, аналогично VAMP1) и has-mir-150 (микроРНК, специфичная для никогда не куривших)[3]. Связь между курением и развитием рака легких хорошо известна, но молекулярный ландшафт, стоящий за таким развитием, до сих пор полностью не изучен.

Наши сигнатуры, полученные из набора данных пациентов с историей курения, могут пролить свет на молекулярные механизмы и поддержать исследователей, изучающих связь.

Несмотря на то, что мы продолжаем подтверждать наши результаты, мы воодушевлены тем, какое влияние наши результаты могут оказать на жизнь пациентов и исследования, рассчитанные тысячами добровольцев. Благодарим вас за вклад в это исследование.

Если у вас есть какие-либо комментарии или вопросы, пожалуйста, оставьте их в Этой ветке чтобы мы ответили. Спасибо за вашу поддержку, терпение и понимание.

Команда WCG

Ссылки:

Се М., Су С. Микроокружение и прогресс иммунотерапии в клинической практике метастазов НМРЛ в головной мозг. Передний онкол. 2023 Янв 24;12:1006284. DOI: 10.3389/fonc.2022.1006284. PMID: 36761422; PMCID: PMC9902941.

Кук М., Крайдер-Леттерман Г., Бейкер М.Дж., Чжан С., Салливан Н.Т., Ерусланов Э., Абба М.С., Гойкоэчеа С.М., Гарсия-Мата Р., Казаниец М.Г. FARP1, ARHGEF39 и TIAM2 являются важными эффекторами рецепторной тирозинкиназы для Rac1-зависимой подвижности клеток при аденокарциноме легкого человека. Cell Rep. 2021 2 ноября;37(5):109905. DOI: 10.1016/J.celrep.2021.109905. PMID: 34731623; PMCID: PMC8627373.

Вучич Е.А., Тху К.Л., Пикор Л.А., Энфилд К.С., Йи Дж., Инглиш Дж.С., Маколей С.Э., Лам С., Юрисика И., Лам В.Л. Статус курения влияет на прогноз, опосредованный микроРНК, и биологию аденокарциномы легкого. Рак BMC. 2014 Октябрь 24;14:778. DOI: 10.1186/1471-2407-14-778. PMID: 25342220; PMCID: PMC4216369.

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:

https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view

https://boinc.berkeley.edu/download_all.php

https://boinc.ru

Ссылка на git-хаб, где лежат исходники программы-клиента BOINC.

https://github.com/BOINC/boinc
1685852977167317229.webp
Размещено в Без категории
Показов 657 Комментарии 0
Всего комментариев 0
Комментарии
 
КиберФорум - форум программистов, компьютерный форум, программирование
Powered by vBulletin
Copyright ©2000 - 2024, CyberForum.ru