Форум программистов, компьютерный форум, киберфорум
Programma_Boinc
Войти
Регистрация
Восстановить пароль
Рейтинг: 1.00. Голосов: 3.

Команда MCM продолжает изучать биомаркеры рака легких

Запись от Programma_Boinc размещена 22.07.2023 в 08:13

Команда MCM продолжает изучать биомаркеры рака легких

Мы продолжаем работу по характеристике биомаркеров рака легких, выявленных в проекте MCM1.

Это обновление посвящено GSDMB, гену, связанному с выживаемостью при раке легких и дифференциально экспрессируемому в различных типах рака по сравнению с нормальными тканями.

Проект: Картирование маркеров рака

Опубликовано: 12 июля 2023 г.

Фон

Распознавание закономерностей у онкологических больных может иметь много преимуществ, например, позволяя обнаруживать признаки рака у других пациентов и персонализировать лечение каждого пациента в соответствии с его конкретным онкологическим профилем.

С ноября 2013 года волонтеры World Community Grid пожертвовали проекту более 820 800 лет процессорного времени, помогая анализировать данные исследований рака и саркомы с невероятной скоростью.
Мы безмерно благодарны волонтерам, которые продолжают жертвовать на этот проект и помогают нам ускорить поиск лучших биомаркеров. Мы продолжаем анализ наиболее распространенных биомаркеров среди больных раком легкого. После обсуждения генов VAMP1 и FARP1, которые были описаны в наших обновлениях за март и апрель, здесь мы сосредоточимся на GSDMB.

Исследования GSDMB

Гасдермин B (GSDMB) представляет собой белок семейства GSDM, который имеет сходную структуру и обычно играет роль в клеточной пролиферации и дифференцировке [1]. Семейство GSDM известно своей ролью в запуске пироптоза, сильно воспалительного типа гибели клеток, которого они достигают путем образования пор в клеточных мембранах [1].
Также было установлено, что GSDMB регулирует рост эпителиальных клеток независимо от его роли в пироптозе (Uniprot). GSDMB считается уникальным среди других членов своего семейства, и его роль в различных типах заболеваний и рака относительно мало изучена.

Было показано, что генетические варианты в GSDMB связаны с повышенной восприимчивостью к таким заболеваниям, как астма и воспалительное заболевание кишечника (ВЗК) [2]. Подобно генам VAMP1 и FARP1, мы исследовали роль GSDMB при раке легкого и обнаружили, что его присутствие играет защитную роль при раке легкого, как показано на рисунке 1 (данные KMplotter).

Рисунок 1. Кривые выживания для пациентов с высокой и низкой экспрессией GSDMB.

Расширяя наши наблюдения за пределами рака легких, поскольку это является целью нашего проекта WCG, мы обнаруживаем, что GSDMB ведет себя аналогичным образом в большинстве протестированных видов рака, как видно на рисунке 2. Это предполагает, что GSDMB играет важную роль в канцерогенезе. и может играть роль в признаках рака. Это было подтверждено в литературе, где была обнаружена связь между уровнями экспрессии GSDMB и раковыми заболеваниями, такими как рак желудка, рак молочной железы [3] и рак мочевого пузыря [4].

Рисунок 2. Экспрессия GSDMB в нормальных и раковых тканях при множественных типах рака.
Используя Атлас белков человека (HPA), мы также определили сильное прогностическое значение белка GSDMB, как показано на рисунке 3.

Рисунок 3. Прогностическое значение белка GSDMB при раке почки (неблагоприятное), уротелиальном раке и раке шейки матки (благоприятное).
Изучая экспрессию GSDMB с помощью портала GTEx (GTEx), мы определяем, какие клетки в легких ее экспрессируют, как показано на рисунке 4.

Рисунок 4. Данные по отдельным клеткам с портала GTEx показывают сильную экспрессию как в эпителиальных, так и в иммунных клетках.
Если у вас есть какие-либо комментарии или вопросы, пожалуйста, оставьте их в этой теме, чтобы мы ответили. Спасибо за вашу постоянную поддержку.

Команда WCG

Использованная литература:
Li L, Li Y, Bai Y. Роль GSDMB в пироптозе и раке. Рак Манаг Рез. 2020 30 апр;12:3033-3043. DOI: 10.2147/CMAR.S246948. PMID: 32431546; PMCID: PMC7201009. Рана Н.,
Привитера Г., Кондольф Х.К., Булек К., Лечуга С., Де Сальво К., Корридони Д.,
Антанавичюте А., Майвальд Р.Л., Уртадо А.М., Чжао Дж., Хуан Э.Х., Ли Х, Чан Э.Р.,
Симмонс А., Бамиас Г., Эбботт Д.У., Хини Дж.Д., Иванов А.И., Писарро Т.Т. GSDMB повышается при ВЗК и регулирует восстановление/восстановление эпителия независимо от пироптоза.
Клетка. 2022 20 января;185(2):283-298.e17. doi: 10.1016/j.cell.2021.12.024. Epub 2022, 11 января. PMID: 35021065; PMCID: PMC8879997. Xia X, Wang X, Cheng Z, Qin W, Lei L, Jiang J, Hu J. Роль пироптоза в раке: про-рак или про-«хозяин»? Гибель клеток и болезни.
2019;10(9). дои: 10.1038/s41419-019-1883-8. PMID: 31501419; PMCID: PMC6733901. He H, Yi L, Zhang B, Yan B, Xiao M, Ren J, Zi D, Zhu L, Zhong Z, Zhao X, Jin X, Xiong W. Комплекс USP24-GSDMB способствует пролиферации рака мочевого пузыря посредством активации пути STAT3 . Int J Biol Sci. 2021 11 июня; 17 (10): 2417-2429. doi: 10.7150/ijbs.54442. PMID: 34326684; PMCID: PMC8315027.

https://www.worldcommunitygrid... verview.do
http://kmplot.com/
https://www.worldcommunitygrid... read,45426

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php
https://boinc.ru
Ссылка на git-хаб, где лежат исходники программы-клиента BOINC.
https://github.com/BOINC/boinc

Нажмите на изображение для увеличения
Название: pasted image 0 (1).png
Просмотров: 103
Размер:	75.4 Кб
ID:	8166

Нажмите на изображение для увеличения
Название: pasted image 0 (2).png
Просмотров: 107
Размер:	44.4 Кб
ID:	8167

Нажмите на изображение для увеличения
Название: pasted image 0 (3).png
Просмотров: 98
Размер:	31.5 Кб
ID:	8168

Нажмите на изображение для увеличения
Название: pasted image 0.png
Просмотров: 103
Размер:	43.7 Кб
ID:	8169
Размещено в Без категории
Показов 762 Комментарии 0
Всего комментариев 0
Комментарии
 
КиберФорум - форум программистов, компьютерный форум, программирование
Powered by vBulletin
Copyright ©2000 - 2024, CyberForum.ru