Форум программистов, компьютерный форум, киберфорум
Programma_Boinc
Войти
Регистрация
Восстановить пароль
Рейтинг: 1.60. Голосов: 5.

Обновление исследования биомаркеров рака легких от команды MCM (ноябрь 2023 г.)

Запись от Programma_Boinc размещена 02.12.2023 в 13:53

Обновление исследования биомаркеров рака легких от команды MCM (ноябрь 2023 г.)

Мы продолжаем работу по характеристике биомаркеров рака легких, выявленных в рамках проекта MCM1. В этом обновлении основное внимание уделяется гену IL13RA1, связанному с выживаемостью при раке легких и дифференциально экспрессируемому при нескольких типах рака по сравнению с нормальными тканями.

https://www.worldcommunitygrid... verview.do

Проект: Картирование маркеров рака

Опубликовано: 27 ноября 2023 г.

Фон

Распознавание закономерностей у онкологических больных может быть полезным, поскольку позволяет нам выявлять признаки рака у других пациентов или персонализировать лечение различных пациентов в соответствии с их генетическим профилем.
Проект Mapping Cancer Markers анализирует базы данных с миллионами точек данных, собранных у пациентов с раком и саркомой, чтобы найти такие диагностические, прогностические и прогностические признаки.

С ноября 2013 года волонтеры World Community Grid пожертвовали на проект более 867 200 лет процессорного времени, помогая анализировать данные исследований о различных типах рака значительно быстрее и более тщательно, чем это было бы возможно в противном случае. Мы безмерно благодарны волонтерам, которые продолжают делать пожертвования на этот проект.

Мы продолжаем работу над общими биомаркерами рака легких. VAMP1, FARP1, GSDMB и ADH6 обсуждались в наших обновлениях за март, апрель, июль и сентябрь. Здесь мы излагаем информацию о IL13RA1.
Исследования IL13RA1
https://www.uniprot.org/unipro... y#function

IL13RA1, часть семейства рецепторов интерлейкина, кодирует субъединицу альфа-1 рецептора интерлейкина-13, которая вместе с IL4RA образует функциональный рецептор интерлейкина-13 (IL13) (Uniprot). Интерлейкины представляют собой тип цитокинов, которые экспрессируются различными клетками организма и играют важную роль в активации и дифференцировке иммунных клеток, а также в пролиферации, созревании, миграции и адгезии. Следовательно, будучи субъединицей рецептора IL13, IL13RA1 позволяет IL13 оказывать эти эффекты.

Учитывая его участие в иммунной функции, неудивительно, что была выявлена возможная связь между IL13RA1 и несколькими заболеваниями, включая ишемическую болезнь сердца[1], болезнь Паркинсона[2], язвенный колит[3], астму и другие аллергические заболевания[ 4,5,6]. IL13RA1 также был идентифицирован как синаптический белок, который участвует в пластичности и нейропротекции после травмы [7].

Как и другие представленные нами гены, мы исследовали роль IL13RA1 при раке легких и обнаружили, что он играет защитную роль, как показано на рисунке 1.

Рисунок 1. Кривые выживаемости пациентов с высокой и низкой экспрессией IL13RA1 (KMplotter).
https://kmplot.com/analysis/

Мы также исследовали, распространяется ли это открытие на другие виды рака. Как показано на рисунке 2, аналогичные тенденции в экспрессии IL13RA1 наблюдаются при большинстве протестированных видов рака. В соответствии с этим наблюдением в литературе были документированы ассоциации между экспрессией IL13RA1 и раком поджелудочной железы[8], раком щитовидной железы[9], раком мочевого пузыря[10], раком молочной железы[11] и раком головного мозга[12].

Рисунок 2. Экспрессия IL13RA1 в нормальной и раковой ткани при нескольких типах рака. Красный текст представляет значительную разницу между экспрессией в раковой ткани по сравнению с нормальной тканью (TNMplot).

Если у вас есть какие-либо комментарии или вопросы, пожалуйста, оставьте их в этой теме, чтобы мы могли ответить. Спасибо за вашу постоянную поддержку.
https://www.worldcommunitygrid... read,45880

Рекомендации

Фэн X, Чжан Ю, Ду М, Ли С, Дин Дж, Ван Дж, Ван Ю, Лю П. Идентификация диагностических биомаркеров и терапевтических мишеней в периферическом иммунном ландшафте при ишемической болезни сердца. Джей Трансл Мед. 5 сентября 2022 г.; 20 (1): 399. дои: 10.1186/s12967-022-03614-1. PMID: 36064568; PMCID: PMC9444127.
Агирре К.А., Кончетта Морале М., Пэн К., Санчес-Алавес М., Синтрон-Колон Р., Фенг К., Фазелпур С., Махер П., Конти Б. Два однонуклеотидных полиморфизма в IL13 и IL13RA1 у лиц с идиопатической болезнью Паркинсона повышают восприимчивость клеток к окислительный стресс. Мозговой иммунитет. 2020 август;88:920-924. doi: 10.1016/j.bbi.2020.04.007. Epub, 7 апреля 2020 г. PMID: 32276028; PMCID: PMC9012133.
Гвигнер М., Мартинес-Нунес Р.Т., Уайток С.Р., Бонданезе В.П., Кларидж А., Коллинз Дж.Э., Каммингс Дж.Р.Ф., Санчес-Эльснер Т. МикроРНК-31 и микроРНК-155 сверхэкспрессируются при язвенном колите и регулируют передачу сигналов IL-13 путем нацеливания на интерлейкин 13 Рецептор α-1. Гены (Базель). 13 февраля 2018 г.;9(2):85. doi: 10.3390/genes9020085. PMID: 29438285; PMCID: PMC5852581.
Константинидис А.К., Бартон С.Дж., Сэйерс И., Ян И.А., Лордан Дж.Л., Рорк С., Клаф Дж.Б., Холгейт С.Т., Холлоуэй Дж.В. Исследования генетической ассоциации полиморфизмов гена субъединицы альфа1 рецептора интерлейкина-13 при астме и атопии. Eur Respir J. Июль 2007 г.;30(1):40-7. дои: 10.1183/09031936.00025706. Epub, 28 марта 2007 г. PMID: 17392323.
Фуруэ М., Улзи Д., Накахара Т., Цудзи Г., Фуруэ К., Хасимото-Хатия А., Кидо-Накахара М. Влияние IL-13Rα2 на атопическое воспаление кожи. Аллергол Инт. Июль 2020 г.;69(3):412-416. doi: 10.1016/j.alit.2020.01.005. Epub, 6 февраля 2020 г. PMID: 32037147.
Маккензи С.И., Варезе Н., Ауи П.М., Рейнвальд С., Уайнс Б.Д., Хогарт П.М., Тьен Ф., Хью М., Ролланд Дж.М., О'Хехир Р.Э., ван Зельм М.К. Секвенирование РНК одиночных аллерген-специфичных В-клеток памяти после иммунотерапии пыльцой трав: две уникальные судьбы клеток и CD29 как биомаркер эффекта лечения. Аллергия. Март 2023 г.;78(3):822-835. дои: 10.1111/all.15529. Epub, 1 октября 2022 г. PMID: 36153670.
Ли С, Олде Хеувел Ф, Рехман Р, Аусджи О, Фрелих А, Ли З, Джарк Р, Чжан В, Конквест А, Вулфле С, Шон М, О Меара CC, Рейнхардт РЛ, Фёрингер Д, Кассубек Дж, Людольф А, Хубер-Ланг М., Нёлль Б., Морганти-Коссманн М.К., Брокманн М.М., Бокерс Т., Розелли Ф. Интерлейкин-13 и его рецептор представляют собой синаптические белки, участвующие в пластичности и нейропротекции. Нац Коммун. 2023, 13 января;14(1):200. дои: 10.1038/s41467-023-35806-8. PMID: 36639371; PMCID: PMC9839781.
Ши Дж, Шен X, Кан Q, Ян X, Дензингер М, Корнманн М, Трауб Б. Потеря интерлейкина-13-рецептора-альфа-1 вызывает апоптоз и способствует ЕМТ при раке поджелудочной железы. Int J Mol Sci. 26 марта 2022 г.; 23 (7): 3659. doi: 10.3390/ijms23073659. PMID: 35409019; PMCID: PMC8998778.
Ван Б., Шен В., Ян Л., Ли X, Чжан Л., Чжао С., Цзинь X. Выявить потенциальный молекулярный механизм циркРНК, регулирующий мРНК, связанную с иммунитетом, через микроРНК губки в возникновении и иммунной регуляции папиллярного рака щитовидной железы. Энн Мед. 2023;55(2):2244515. дои: 10.1080/07853890.2023.2244515. PMID: 37603701; PMCID: PMC1044398.
Fang ZQ, Zang WD, Chen R, Ye BW, Wang XW, Yi SH, Chen W, He F, Ye G. Профиль экспрессии генов и пути обогащения на разных стадиях рака мочевого пузыря. Генет Мол Рез. 6 мая 2013 г.; 12 (2): 1479-89. doi: 10.4238/2013.Май.6.1. PMID: 23765955.
He M, Hu C, Deng J, Ji H, Tian W. Идентификация новой характеристики, связанной с гликолизом, для прогнозирования прогноза пациентов с раком молочной железы. World J Surg Oncol. 2 октября 2021 г.; 19 (1): 294. doi: 10.1186/s12957-021-02409-w. PMID: 34600547; PMCID: PMC8487479.
Морено Д.А., да Силва Л.С., Гомеш И., Леал Л.Ф., Берардинелли Г.Н., Гонсалвес ГМ, Перейра К.А., Сантана IVВ, Мацусита М.М., Бхат К., Лоулер С., Рейс Р.М. Иммунное профилирование рака раскрывает биомаркеры, иммунологические пути и оценку типов клеток, связанных с выживаемостью пациентов с глиобластомой. Тер Адв Мед Онкол. 21 декабря 2022 г.; 14: 17588359221127678. дои: 10.1177/17588359221127678. PMID: 36579028; PMCID: PMC9791289.

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php
https://boinc.ru
Ссылка на git-хаб, где лежат исходники программы-клиента BOINC.
https://github.com/BOINC/boinc

Нажмите на изображение для увеличения
Название: Screen Shot 2023-11-24 at 3.49.55 PM.png
Просмотров: 161
Размер:	59.1 Кб
ID:	8383

Нажмите на изображение для увеличения
Название: Screenshot 2023-11-21 at 12.40.35 PM.png
Просмотров: 201
Размер:	197.6 Кб
ID:	8384
Размещено в Без категории
Показов 682 Комментарии 0
Всего комментариев 0
Комментарии
 
КиберФорум - форум программистов, компьютерный форум, программирование
Powered by vBulletin
Copyright ©2000 - 2024, CyberForum.ru