Code First - выбор: Microsoft.EntityFrameworkCore.Sqlite, Microsoft.Data.Sqlite, System.Data.SQLite и др.

    [Table("Contacts")]
    public class ContactEntity
    {
        [Key]
        public int Id { get; set; }
 
        [Required]
        [Index]
        public string Name { get; set; }
    }
 
 
    [Table("Phones")]
    public class PhoneEntity
    {
        [Key]
        public int Id { get; set; }
 
        [Required]
        [Index]
        public int ContactId { get; set; }
 
        [Required]
        public string Title { get; set; }
 
        [Required]
        [Index]
        public string Number { get; set; }
    }

    public class ContactDB : DbContext
    {
        public ContactDB(????)
            : base(????)
        {
 
        }
        public DbSet<ContactEntity> Contacts { get; set; }
        public DbSet<PhoneEntity> Phones{ get; set; }
 
    }

        protected override void OnConfiguring(DbContextOptionsBuilder options)
        {
            options.UseSqlite($"Data Source={PathAndNameDB}");
        }

    class MainContextContact : DbContext
    {
        public DbSet<Contact> Contacts { get; set; }
 
        protected override void OnConfiguring(DbContextOptionsBuilder options)
        {
            options.UseSqlite($"Data Source=contacts.db");
        }
    }
 
    class MainContextPhone : DbContext
    {
        protected override void OnConfiguring(DbContextOptionsBuilder options)
        {
            options.UseSqlite($"Data Source=phones.db");
        }
        public DbSet<Phone> Phones { get; set; }
    }
 
    class ContactRepository
    {
        private MainContextContact context;
 
        public ContactRepository(MainContextContact context)
        {
            this.context = context;
        }
        public void Add(object o)
        {
            context.Contacts.Add(o);
        }
        /* и т.д. */
    }
 
    class PhoneRepository
    {
        private MainContextPhone context;
 
        public PhoneRepository(MainContextPhone context)
        {
            this.context = context;
        }
        public void Add(object o)
        {
            context.Phones.Add(o);
        }
        /* и т.д. */
    }
 
    // Используем через это
    class UoWCLass
    {
        public ContactRepository Contact;
        public PhoneRepository Phones;
    }

uow.Contacts.Add(item);
var s = uow.Phones.Where(a => a == item.Phone);