Алгоритм сравнения массивов.

 for (int k = 0; k <= lines1.Length; k++))
       {
            for (int i = 0; i <= lines2.Length; i++))          
                {
 
                        If (lines1[k] == lines2[i])     или так If (lines1[k] != lines2[i])
                              {
                              
                               }
                 }
        }

for (int k = 0; k <= lines1.Length; k++))
       {
            for (int i = 0; i <= lines2.Length; i++))          
                {
 
                        If (lines1[k] != lines2[i])
                              {
                              // здесь надо присвоить какой нить переменной значение lines1[k]
                              // например int a =   lines1[k];(как-нить грамотно перевести [] в int)
                             }
                 }
а здесь записать переменную "а" в файл 
        }

var lines1 = new[] {1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8};
var lines2 = new[] {2, 3, 4, 5};
foreach (var i in lines1.Except(lines2))
    Console.WriteLine(i);

string[] array1 = new string[] { "stroka", "bedr", "bcbru" };
string[] array2 = new string[] { "a", "bc" };
 
        var q = from str in array1
                where ((from str2 in array2
                        where str.Contains(str2)
                        select str2).Count() > 0)
                select str;
        List<string> list = q.ToList();

using System.Linq;

string[] list1=new string[]{"ivan","miha","sania","jeka","puh","kesha","filipok","gregory"};
            string[] list2=new string[]{"miha","jeka","kesha","puh"};           
            foreach(string list3 in list1)
            {int idx=0;
                for(int i=0;i<list2.Length ;i++)
                {                   
                    if(list3!=list2[i])
                    {
                        idx++;                      
                        if(idx==list2.Length)
                        {                           
                            Console.WriteLine (list3);
                        }
                    }
                    
                }
            }

private class Comparer : IEqualityComparer<string>
{
    public bool Equals(string x, string y)
    {
        return y.Contains(x);
    }
    public int GetHashCode(string obj)
    {
        return 0;
    }
}
 
var s1 = new[] {"stroka", "bedr", "bcbru"};
var s2 = new[] {"a", "bc"};
 
foreach (var i in s1.Except(s2, new Comparer())) ...