Строки сортируются по убыванию количества в них запятых. Если запятых одинаково, то по возрастанию точек

 public static void main(String[] args) {
        String[] arr = new String[5];
        arr[0]="Строка с тремя точками... и 2 запятыми,,";
        arr[1]="Строка с шестью точками...... и 4 запятыми,,,,";
        arr[2]="Строка с одной точкой. и одной запятой,";
        arr[3]="Строка с пятью точками..... и 5 запятыми,,,,,";
        arr[4]="Строка с двумя точками.. и 5 запятыми,,,,,";
        Arrays.stream(arr)
                .sorted(Comparator.comparing(o -> Main.countChars(o.toString(),','))
                        .reversed()
                        .thenComparing(o -> Main.countChars(o.toString(),'.')))
                .forEach(System.out::println);
    }
 
    public static int countChars(String str, char c) {
        int counter = 0;
        for (Character character :
                str.toCharArray()) {
            if (character.equals(c))
                counter++;
        }
        return counter;
    }

Map<String, List<Integer>> sentencesMap = Main.createMap(arr);
        sentencesMap
                .entrySet()
                .stream()
                .sorted(Comparator.comparingInt(stringListEntry -> stringListEntry.getValue().get(0)).reversed())
                .forEach(stringListEntry -> System.out.println(stringListEntry.getKey()));

public class Main {
    public static void main(String[] args) {
        String[] arr = new String[5];
        arr[0] = "Строка с тремя точками... и 2 запятыми,,";
        arr[1] = "Строка с шестью точками...... и 4 запятыми,,,,";
        arr[2] = "Строка с одной точкой. и одной запятой,";
        arr[3] = "Строка с пятью точками..... и 5 запятыми,,,,,";
        arr[4] = "Строка с двумя точками.. и 5 запятыми,,,,,";
        Map<String, List<Integer>> sentencesMap = Main.createMap(arr);
        sentencesMap
                .entrySet()
                .stream()
                .sorted(Comparator.<Map.Entry<String, List<Integer>>>comparingInt(value -> value.getValue()
                        .get(0))
                        .reversed()
                        .thenComparingInt(value -> value.getValue().get(1)))
                .forEach(stringListEntry -> System.out.println(stringListEntry.getKey()));
    }
 
    public static Map<String, List<Integer>> createMap(String[] sentences) {
        Map<String, List<Integer>> sentencesMap = new LinkedHashMap<>();
        for (String sentence :
                sentences) {
            ArrayList<Integer> amountOfCommasAndDots = new ArrayList<>();
            amountOfCommasAndDots.add(Main.countChars(sentence, ','));
            amountOfCommasAndDots.add(Main.countChars(sentence, '.'));
            sentencesMap.put(sentence, amountOfCommasAndDots);
        }
        return sentencesMap;
    }
 
    public static int countChars(String str, char c) {
        int counter = 0;
        for (Character character :
                str.toCharArray()) {
            if (character.equals(c))
                counter++;
        }
        return counter;
    }
}

        Map<String,Long> map = Stream.of(arr).collect(toMap(Function.identity(),
                s -> s.chars().mapToLong(c -> c == ',' ? - (1L << 32) : c == '.' ? 1L : 0L).sum()));
 
        Stream.of(arr).sorted(Comparator.comparingLong(map::get)).forEach(System.out::println);