Найти последовательность букв в строке

public int getStartingPosition(String rna){
 
        return rna.indexOf("AUG");
 
    }

public int getStopPosition(String rna_, int startPos_){
        int stopPos = 0;
        int startPos = startPos_+3; //Сноска *
        CharSequence stopCodon1 = "UAG";
        CharSequence stopCodon2 = "UAA";
        CharSequence stopCodon3 = "UGA";
 
        for (int i = startPos; i < rna_.length() ; i+= 3) { //Сноска **
            if (rna_.contains(stopCodon1)) stopPos = rna_.indexOf(stopCodon1.toString());
            else if (rna_.contains(stopCodon2)) stopPos = rna_.indexOf(stopCodon2.toString());
            else if (rna_.contains(stopCodon3)) stopPos = rna_.indexOf(stopCodon3.toString());
            else stopPos = -1;
        }
        return stopPos; 
    }

        String s = "UAAUGCUAGACGUGUUCUAGGA";
        Matcher m = Pattern.compile("(AUG)((...)+?)(UAG|UAA|UGA)").matcher(s);
        
        while (m.find())
        {
            System.out.println(m.start()); //позиция первого
            System.out.println(m.end()-3); //позиция последнего
            System.out.println(m.group(2)); //сами кодоны
        }

        String s = "UAAUGCUAGACGUGUUCUAGGAAUGCUAGA4CUGUUCUAGGA";
        Matcher m = Pattern.compile("(AUG)((...)+?)(UAG|UAA|UGA)").matcher(s);
        String c = "";
        while (m.find())
        {
            //System.out.println(m.start()); //позиция первого
            //System.out.println(m.end()-3); //позиция последнего
            c = m.group(2); //сами кодоны
        }
        
        for (int i = 0; i<= c.length()-3; i+=3)
        {
            //вот они идут друг за другом
            System.out.println(c.substring(i, i+3));
        }