Как встроить код в ядро питона?

@Safy01 · Регистрация: 21.05.2018

Студворк — интернет-сервис помощи студентам

Здравствуйте, мне необходимо импортировать данные в ядро питона, и далее работать координатами атомов. Дальше надо пройтись по всем атомам дважды:

Python
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
#####################
r=???
data    =   np.zeros((maxNeigh,Natoms)) 
for n in u.Natoms:
count =0 
for n1 in u.Natoms:
if n~=1: 
dx=X(n)-X(n1)
dy=Y(n)-Y(n1) 
dz=Z(n)-Z(n1) 
d=(dx+dy+dz)^0.5
if d<r
count   +=  1 
data[count,n]=type[n]
#########################

данные, которые надо импортировать в ядро питона в прилагаемом файле, я новичок в этом, поэтому испытываю затруднения...

@oldnick85 · 12.06.2018, 13:33

Ааа! Фак мой мозг)

Что значит "импортировать данные в ядро питона"?
Что за "атомы", откуда взялись, зачем проходить два раза?
Откуда этот код? Он абсолютно нерабочий, даже не запустится питоном.

@Safy01 · 12.06.2018, 14:50 **[ТС]**

координаты атомов были сформированы моделированием программкой на языке Python, кстати она приведена в другой моей теме, есть 2 типа атомов и мне надо определить вероятность что атомы одного типа могут создавать связи с атомами другого типа

@Konst2016 · 12.06.2018, 15:21

Это что то из физики -координаты атомов.Наверно вот так:

Python
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
import numpy as np
r=0
data=np.zeros(maxNeigh,Natoms)
for n in u.Natoms:
  count=0
  for n1 in u.Natoms:
    if n!=1:
      dx=X(n) -X(n1)
      dy=Y(n)-Y(n1)
      dz=Z(n) -Z(n1)
      d=(dx+dy+dz)**0.5
    if d<r:
      count+=1

Ядром Python прежде всего считают виртуальную машину Python.Что бы быстро работала можно
написать модуль на C++ и импортировать как Python пакет(интерпритатор Python должен быть CPython)

@Safy01 · 12.06.2018, 15:39 **[ТС]**

спасибо, да это из физики, а куда вставлять координаты атомов?

@Konst2016 · 12.06.2018, 16:11

Скажем считали в массив arr: arr=[type=1,x=1.433,y=1.433,z=1.433].Тогда
X(n) или X(n1)=arr[1] Y(n) или Y(n1)=arr[2] Z(n) или Z(n1)=arr[3],n и n1 номера строк в циклах.

@Safy01 · 12.06.2018, 16:19 **[ТС]**

я может чего то недопонимаю, но у меня там 2 раза по 8192 атома с координатами...их что вручную вбивать?

@Konst2016 · 12.06.2018, 17:01

Прежде считываем записи в переменную data как 2 мерную матрицу методом numpy

Python
1
2
import numpy as np
data=np.genfromtxt("имя файла",delmeter='';")

Для этого нужно что бы данные разделялись скажем запятыми.
Количество рядов(атомов) получаем как высоту матрица т е Natoms=len(data).

Добавлено через 15 минут
Более точный:

Python
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
import numpy as np
data=np.genfromtxt("имя файла",delmeter='';")
r=0#некая константа
N=len(data)
L=len(data[0])
for n in N:
  count=0
  for n1 in N:
      if n!=1:
        dx=data[n][1]-data[n][1]
        dy=data[n][2]-data[n][2]
        dz=data[n][3]-data[n][3]
        d=(dx+dy+dz)**0.5
      if d<r:
      count+=1

@Safy01 · 12.06.2018, 17:06 **[ТС]**

Большое спасибо за помощь!
Попробую воспользоваться вашими указаниями.
Очень надеюсь, что все получится.

@Konst2016 · 12.06.2018, 17:08

Т е так

Python
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
import numpy as np
data=np.genfromtxt("имя файла",delmeter='';")
r=0#некая константа
N=len(data)
for n in N:
  count=0
  for n1 in N:
      if n!=1:
        dx=data[n][1]-data[n1][1]
        dy=data[n][2]-data[n1][2]
        dz=data[n][3]-data[n1][3]
        d=(dx+dy+dz)**0.5
      if d<r:
      count+=1

@Safy01 · 14.06.2018, 09:51 **[ТС]**

Что то не получается. Вбиваю это

Python
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
import numpy as np
data=np.genfromtxt("555.txt",delimiter= ";")
r=2.866
N=len(data)
for n in N:
  count=0
  for n1 in N:
      if n!=1:
        dx=data[n][1]-data[n1][1]
        dy=data[n][2]-data[n1][2]
        dz=data[n][3]-data[n1][3]
        d=(dx+dy+dz)**0.5
      if d<r:
      count+=1

Никак не хочет запускаться. В чем может быть причина?
Файл здесь

@Safy01 · 14.06.2018, 09:52 **[ТС]**

Что то не получается. Вбиваю это

Python
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
import numpy as np
data=np.genfromtxt("555.txt",delimiter= ";")
r=2.866
N=len(data)
for n in N:
  count=0
  for n1 in N:
      if n!=1:
        dx=data[n][1]-data[n1][1]
        dy=data[n][2]-data[n1][2]
        dz=data[n][3]-data[n1][3]
        d=(dx+dy+dz)**0.5
      if d<r:
      count+=1

Никак не хочет запускаться. В чем может быть причина?
Файл здесь

@Welemir1 · 14.06.2018, 12:08

Сообщение от Safy01

В чем может быть причина?

она может быть в той ошибке что тебе пишет умный питон

@Konst2016 · 15.06.2018, 21:19

Там я имел ввиду чтобы данные разделялись точкой запятой в файле 555.txt для метода np.genfromtxt т е delimiter= ";".И мне
думается там не должно быть записей из слов.

Добавлено через 10 минут
Еще там код надо исправить так:

Python
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
import numpy as np
data=np.genfromtxt("555.txt",delimiter= ";")
r=2.866
N=len(data)
count=0
for n in range(N):
  for n1 in range(N):
      if n!=1:
        dx=data[n][1]-data[n1][1]
        dy=data[n][2]-data[n1][2]
        dz=data[n][3]-data[n1][3]
        d=(dx+dy+dz)**0.5
      if d<r:
      count+=1

У вас может в той проге надо задать разделение данных как ;

Рыжий Лис · 24.06.2018, 13:00

Не по теме:

Сообщение от oldnick85

Ааа! Фак мой мозг)
Что значит "импортировать данные в ядро питона"?

Скорей всего это jupyter-kernel.

Внутри файла это:

Code
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
ITEM: TIMESTEP
0
ITEM: NUMBER OF ATOMS
8192
ITEM: BOX BOUNDS pp pp pp
5.7320000000000004e-001 4.6429200000000002e+001
5.7320000000000004e-001 4.6429200000000002e+001
5.7320000000000004e-001 4.6429200000000002e+001
ITEM: ATOMS id type x y z 
1 1 1.433 1.433 1.433 
2 1 2.866 2.866 2.866 
513 1 4.299 1.433 1.433 
514 1 5.732 2.866 2.866 
1025 1 7.165 1.433 1.433 
ещё более 8000 строк

Нужно этот файл аккуратно спарсить.

Новые блоги и статьи Все статьи Все блоги /
PhpStorm 2025.3: WSL Terminal всегда стартует в ~ and_y87 14.12.2025 PhpStorm 2025. 3: WSL Terminal всегда стартует в ~ (home), игнорируя директорию проекта Симптом: После обновления до PhpStorm 2025. 3 встроенный терминал WSL открывается в домашней директории. . .	Access VikBal 11.12.2025 Помогите пожалуйста !! Как объединить 2 одинаковые БД Access с разными данными.	Новый ноутбук volvo 07.12.2025 Всем привет. По скидке в "черную пятницу" взял себе новый ноутбук Lenovo ThinkBook 16 G7 на Амазоне: Ryzen 5 7533HS 64 Gb DDR5 1Tb NVMe 16" Full HD Display Win11 Pro	Музыка, написанная Искусственным Интеллектом volvo 04.12.2025 Всем привет. Некоторое время назад меня заинтересовало, что уже умеет ИИ в плане написания музыки для песен, и, собственно, исполнения этих самых песен. Стихов у нас много, уже вышли 4 книги, еще 3. . .	От async/await к виртуальным потокам в Python IndentationError 23.11.2025 Армин Ронахер поставил под сомнение async/ await. Создатель Flask заявляет: цветные функции - провал, виртуальные потоки - решение. Не threading-динозавры, а новое поколение лёгких потоков. Откат?. . .
Поиск "дружественных имён" СОМ портов Argus19 22.11.2025 Поиск "дружественных имён" СОМ портов На странице: https:/ / norseev. ru/ 2018/ 01/ 04/ comportlist_windows/ нашёл схожую тему. Там приведён код на С++, который показывает только имена СОМ портов, типа,. . .	Сколько Государство потратило денег на меня, обеспечивая инсулином. Programma_Boinc 20.11.2025 Сколько Государство потратило денег на меня, обеспечивая инсулином. Вот решила сделать интересный приблизительный подсчет, сколько государство потратило на меня денег на покупку инсулинов. . . .	Ломающие изменения в C#.NStar Alpha Etyuhibosecyu 20.11.2025 Уже можно не только тестировать, но и пользоваться C#. NStar - писать оконные приложения, содержащие надписи, кнопки, текстовые поля и даже изображения, например, моя игра "Три в ряд" написана на этом. . .	Мысли в слух kumehtar 18.11.2025 Кстати, совсем недавно имел разговор на тему медитаций с людьми. И обнаружил, что они вообще не понимают что такое медитация и зачем она нужна. Самые базовые вещи. Для них это - когда просто люди. . .	Создание Single Page Application на фреймах krapotkin 16.11.2025 Статья исключительно для начинающих. Подходы оригинальностью не блещут. В век Веб все очень привыкли к дизайну Single-Page-Application . Быстренько разберем подход "на фреймах". Мы делаем одну. . .

@oldnick85 36 / 34 / 10 Регистрация: 15.07.2017 Сообщений: 128
	12.06.2018, 13:33
	Ааа! Фак мой мозг) Что значит "импортировать данные в ядро питона"? Что за "атомы", откуда взялись, зачем проходить два раза? Откуда этот код? Он абсолютно нерабочий, даже не запустится питоном. 0

@Safy01 1 / 1 / 0 Регистрация: 21.05.2018 Сообщений: 37
	12.06.2018, 14:50 [ТС]
	координаты атомов были сформированы моделированием программкой на языке Python, кстати она приведена в другой моей теме, есть 2 типа атомов и мне надо определить вероятность что атомы одного типа могут создавать связи с атомами другого типа 0

@Safy01 1 / 1 / 0 Регистрация: 21.05.2018 Сообщений: 37
	12.06.2018, 15:39 [ТС]
	спасибо, да это из физики, а куда вставлять координаты атомов? 0

@Konst2016 7 / 7 / 9 Регистрация: 07.02.2016 Сообщений: 207 Записей в блоге: 53
	12.06.2018, 16:11
	Скажем считали в массив arr: arr=[type=1,x=1.433,y=1.433,z=1.433].Тогда X(n) или X(n1)=arr[1] Y(n) или Y(n1)=arr[2] Z(n) или Z(n1)=arr[3],n и n1 номера строк в циклах. 0

@Safy01 1 / 1 / 0 Регистрация: 21.05.2018 Сообщений: 37
	12.06.2018, 16:19 [ТС]
	я может чего то недопонимаю, но у меня там 2 раза по 8192 атома с координатами...их что вручную вбивать? 0

@Safy01 1 / 1 / 0 Регистрация: 21.05.2018 Сообщений: 37
	12.06.2018, 17:06 [ТС]
	Большое спасибо за помощь! Попробую воспользоваться вашими указаниями. Очень надеюсь, что все получится. 0