Failed to initialize Python interpreter

@Safy01 · Регистрация: 21.05.2018

Студворк — интернет-сервис помощи студентам

При работе в программе OVITO (www.ovito.org) я столкнулась с некоторыми трудностями при расчете частичной радиальной функции распределения http://forum.ovito.org/index.php?topic=131.0 при добавлении модификатора "Python script modifier" а также кода из инструкции у меня выходит сообщение "Failed to initialize Python interpreter". ( )

Помогите пожалуйста разобраться с этим..буду рада любой помощи. я новичок в Python..

@ТабуретY · 22.10.2018, 12:56

Вот тут https://www.ovito.org/manual/v... cript.html
Примеры как выводить на экран с qt5, так что и точки можно

@Safy01 · 23.10.2018, 06:13 **[ТС]**

благодарю за подсказку, все просмотрела, запустила приведенные примеры, только мне надо построить график вчерашнего примера, график частичной RDF. Может не заморачиваться и сделать это в екселе?

@ТабуретY · 23.10.2018, 06:43

Сообщение от Safy01

Может не заморачиваться и сделать это в екселе?

Если так можно сделать, то лучше в excel, а то придется разбираться как передать данные и modify в render, а сохранить расчет в файл можно так

Python
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
import numpy as np
 
num_bins = 100
 
def modify(frame, input, output):
    hist, bin_edges = np.histogram(input.bond_properties.length.array, bins=num_bins)
 
    rho = input.number_of_particles / input.cell.volume
    factor = 4./3. * np.pi * rho * input.number_of_particles
    
    radii = bin_edges[:-1]
    radii_right = bin_edges[1:]
    rdf = hist / (factor * (radii_right**3 - radii**3))
    file = open("data.txt", 'w')
    print(np.column_stack((radii,rdf)), file=file)

@Safy01 · 23.10.2018, 13:46 **[ТС]**

вот что мне ответили на форуме Ovito

http://forum.ovito.org/index.php?topic=410.0

понять не могу, куда вставлять эти 2 строчки? и как в итоге будет выглядеть код, можете глянуть,
я так поняла, что в версии 3.0 последней графики вроде как должны отображаться

заранее благодарю вас за помощь

@ТабуретY · 23.10.2018, 14:04

Просто в конце modify

Python
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
from ovito.data import *
import numpy as np
 
num_bins = 100
 
def modify(frame, input, output):
    hist, bin_edges = np.histogram(input.bond_properties.length.array, bins=num_bins)
 
    rho = input.number_of_particles / input.cell.volume
    factor = 4./3. * np.pi * rho * input.number_of_particles
    
    radii = bin_edges[:-1]
    radii_right = bin_edges[1:]
    rdf = hist / (factor * (radii_right**3 - radii**3))
    
    print(np.column_stack((radii,rdf)))
    result = np.column_stack((radii,rdf))
    np.savetxt("partial_rdf_%s.dat" % frame, result)

@Safy01 · 23.10.2018, 15:10 **[ТС]**

ну вот я так и делала, почему то сначала не срабатывало, сейчас все нормально, но буквально сейчас мне написали, что график не нужно строить)))

Я очень рада, что есть такой форум, есть Вы, где можно получить помощь и подсказки, не знаю, чтобы я без Вас делала!

@Safy01 · 10.11.2018, 09:07 **[ТС]**

добрый день! я снова нуждаюсь в вашей помощи, касаемо программы Ovito. В модификаторе Координационный анализ написано, что он позволяет определить число атомов на каждой координационной сфере.

file:///C:/Program%20Files/Ovito/doc/manual/html/particles.modifiers.coordination_analysi s.html

и я с этим затрудняюсь, где я их должна считать. на форуме мне написали:

Hello,

why don't you use the information you already calculated in your script, i.e. when you calculate the histogram of the different bond lengths?

Code: [Select]
hist, bin_edges = np.histogram(output.bond_properties.leng th.array, bins=num_bins)

-Constanze

@megacold · 10.11.2018, 12:07

http://chemege.ru/chembonds/
Так понимаю, эти переменные hist, bin_edges, и есть длина связи.

Еще бы этот документ particles.modifiers.coordination_analysi s.html сюда загрузить.

я бы помог, но на моей системе программа не устанавливается)

Добавлено через 4 минуты
хотя. все-же здесь хранится массив длин output.bond_properties.length.array
если перевести:
bond_properties = свойства связи
length = длина

@Safy01 · 10.11.2018, 12:07 **[ТС]**

я нашла ряд формул, с помощью которых используя данные, полученные в ovito, можно попробовать рассчитать эти координационные числа, я попробую это сделать и если получится нужный результат, то это было б отлично

у вас 32 битная система?

@megacold · 10.11.2018, 12:09

Ссылка на сам документ: http://www.ovito.org/manual/pa... lysis.html

@Safy01 · 10.11.2018, 12:11 **[ТС]**

ну вот первый абзац этого документа меня и интересует , где говорится о том что модификатор определяет количество соседей для каждой координационной сферы

@megacold · 10.11.2018, 12:36

Да, у меня 32((

Вот еще ссылка с примерами: http://ovito.org/manual/python... rties.html

Добавлено через 1 минуту
Модификатор сохраняет результаты в свойстве Coordination частиц

Кроме того, модификатор также вычисляет функцию распределения радиальной пары (RDF) системы частиц. RDF g (r) измеряет вероятность нахождения частицы на расстоянии r, учитывая, что в позиции 0 имеется частица; это, по существу, гистограмма межчастичных расстояний. Функция распределения пар нормирована на плотность числа частиц (т. Е. Общее число частиц, деленное на объем ячейки моделирования).

Текущая версия модификатора может вычислять только глобальный RDF, игнорирующий типы частиц

@Safy01 · 10.11.2018, 12:45 **[ТС]**

Сообщение от megacold

Модификатор сохраняет результаты в свойстве Coordination частиц

во это я не могу найти все перевернула)))

@megacold · 10.11.2018, 13:09

Может так доступно:

Python
1
input.particle_properties.Coordination

Добавлено через 11 минут
вот так вроде получать нужно:

Python
1
CoordinationNumberModifier(cutoff = 2.9)

Добавлено через 1 минуту
в cutoff = 2.9 определяем радиус/зону покрытия в которой желаем подсчитать частицы

Добавлено через 39 секунд
вернее так "модификатор для вычисления координационных чисел частиц."

@Safy01 · 10.11.2018, 13:10 **[ТС]**

Сообщение от megacold

1
CoordinationNumberModifier(cutoff = 2.9)

эту строку я должна вставить в скрипт?

@megacold · 10.11.2018, 13:27

ну да. Я правда не понял пока в каком контексте мы общались)
Если формы, то на изображении была представлена форма с параметром Cutoff radius
На графике y видна вероятность присутствия частицы g(r) на расстоянии r
На x видна "pair separation distance" наверно плотность. гугл так переводит "парное расстояние разделения"

Добавлено через 1 минуту
а функция CoordinationNumberModifier похоже вычисляет количество находящихся частиц в радиусе. Честно документацию по функции не читал детально, просто на пример наткнулся, где она используется

Добавлено через 4 минуты
Вот пример, если, что:

Python
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
from ovito.io import import_file
from ovito.modifiers import CoordinationNumberModifier
import numpy
 
# Load a particle dataset, apply modifier, and evaluate data pipeline.
node = import_file("simulation.dump")
modifier = CoordinationNumberModifier(cutoff = 5.0, number_of_bins = 200)
node.modifiers.append(modifier)
node.compute()
 
# Export the computed RDF data to a text file.
numpy.savetxt("output_rdf.txt", modifier.rdf)

@Safy01 · 10.11.2018, 13:31 **[ТС]**

я конечно позже попробую, но это код что то не срабатывает, выдает ошибку

@megacold · 10.11.2018, 13:35

Ссылка на модификаторы: http://ovito.org/manual/python... erModifier
Вот описание:

Code
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
class ovito.modifiers.CoordinationNumberModifier
Base class: ovito.modifiers.Modifier
Computes coordination numbers of particles and the radial distribution function (RDF) of the system.
 
The modifier stores the computed coordination numbers in the "Coordination" particle property.
 
cutoff
The neighbor cutoff distance.
 
Default:    3.2
number_of_bins
The number of histogram bins to use when computing the RDF.
 
Default:    200
rdf¶
Returns a NumPy array containing the radial distribution function (RDF) computed by the modifier. The returned array is two-dimensional and consists of the [r, g(r)] data points of the tabulated g(r) RDF function.
 
Note that accessing this array is only possible after the modifier has computed its results. Thus, you have to call ovito.ObjectNode.compute() first to ensure that this information is up to date, see the example above.

Добавлено через 2 минуты
Не срабатывает наверное из-за numpy
Ее необходимо установить

Python
1
pip install numpy

Возможно у ovito свой установщик

Код ошибки желательно прилагать

@Safy01 · 10.11.2018, 13:44 **[ТС]**

Сообщение от megacold

Не срабатывает наверное из-за numpy
Ее необходимо установить

установлено, скорее всего из-за того, что надо верно указать свой файл в коде в 6 строке

Добавлено через 7 минут
вообще сам модификатор координационный анализ у меня срабатывает, мне не надо для этого загружать код, он автоматически считает, я указываю там radius cutoff, проблема в том что я вычисляю частичный RDF там используется другой код

Python
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
from ovito.data import *
 
def modify(frame, input, output):
    print("The input contains %i particles." % input.number_of_particles)
import numpy as np
 
num_bins = 100
 
def modify(frame, input, output):
    hist, bin_edges = np.histogram(input.bond_properties.length.array, bins=num_bins)
 
    rho = input.number_of_particles / input.cell.volume
    factor = 4./3. * np.pi * rho * input.number_of_particles
    
    radii = bin_edges[:-1]
    radii_right = bin_edges[1:]
    rdf = hist / (factor * (radii_right**3 - radii**3))
    
    print(np.column_stack((radii,rdf)))

и он у меня тоже срабатывает, мне надо определить число соседей , попробую рассчитать по формулам

@Safy01 · 11.11.2018, 17:46 **[ТС]**

Привет,
расчет у меня выдал какую то ерунду, и вопрос остается открытым..megacold, жаль что вы не можете установить программу и и посмотреть все..

Новые блоги и статьи Все статьи Все блоги /
Алиса нашла кучу ошибок компиляции и запуска в проекте, который без проблем компилировался и запускался))) anaschu 30.06.2026 Я пока посмеюся, но завтра проверю. А вообще интерсно. Дал алисе файл, в котором точно нет ошибок компиляции и запуска, и попросил их найти. Нашла кучу))) Критические ошибки, мешающие компиляции и. . .	сукцессия 16. Общий обзор, в основном что бы другие ии поняли anaschu 29.06.2026 # Передаточный документ: модель микоризной сукцессии (для нового чата) Этот документ предназначен для того, чтобы новый чат Claude мог продолжить работу без необходимости заново разбираться в. . .	сукцессия 15 неявная схема anaschu 29.06.2026 Алиса Калибровка параметров симбиотической модели: технический обзор Содержание: Введение Постановка проблемы Технические аспекты реализации Процесс внедрения изменений	сукцессия 14. Обновленная схема модели anaschu 28.06.2026 ГЛОБАЛЬНАЯ ОПИСАТЕЛЬНАЯ СПЕЦИФИКАЦИЯ ЭКОСИСТЕМНОЙ МОДЕЛИ «SOIL CHEMISTRY & MYCORRHIZA 2. 0» https:/ / ibb. co/ NnkGpfMd Представленная интегрированная схема описывает непрерывную нелинейную. . .
сукцессия 13. Питон модель трехзонного мицелия, пока что в основном арбускулярного anaschu 28.06.2026 ## Разработка агентной модели микоризной сукцессии: от выявления артефактов к созданию комплексной системы ### Аннотация Представлено исследование по разработке агентной модели микоризной. . .	сукцессия 12. краткий список проверок модели перед запуском. anaschu 27.06.2026 Скрытые отказы в моделях систем динамики (SD-models) экологических систем: два случая из практики Контекст Разбирался прототип модели систем динамики (SD-модели) микоризной сукцессии: пять. . .	Сукцессия 11. Проверка орудий перед войной: разработка через тестирование anaschu 27.06.2026 Как не дать модели соврать самой себе: проверки для симуляции микоризной сукцессии Введение Когда вы строите математическую модель живой системы — грибов, растений, почвы — главная опасность. . .	10 сукцессия. Питон код войны грибов и растений anaschu 27.06.2026 import numpy as np class PlantAgent: def __init__(self, name, strategy, initial_biomass): self. name = name self. strategy = strategy # "greedy" (широколиственные) или. . .

@Safy01 1 / 1 / 0 Регистрация: 21.05.2018 Сообщений: 37

	Failed to initialize Python interpreter 17.10.2018, 09:34. Показов 3697. Ответов 39 Метки нет (Все метки) При работе в программе OVITO (www.ovito.org) я столкнулась с некоторыми трудностями при расчете частичной радиальной функции распределения http://forum.ovito.org/index.php?topic=131.0 при добавлении модификатора "Python script modifier" а также кода из инструкции у меня выходит сообщение "Failed to initialize Python interpreter". ( ) Помогите пожалуйста разобраться с этим..буду рада любой помощи. я новичок в Python.. 0

@ТабуретY 1741 / 913 / 480 Регистрация: 05.12.2013 Сообщений: 3,074
	22.10.2018, 12:56
	Вот тут https://www.ovito.org/manual/v... cript.html Примеры как выводить на экран с qt5, так что и точки можно 1

@Safy01 1 / 1 / 0 Регистрация: 21.05.2018 Сообщений: 37
	23.10.2018, 06:13 [ТС]
	благодарю за подсказку, все просмотрела, запустила приведенные примеры, только мне надо построить график вчерашнего примера, график частичной RDF. Может не заморачиваться и сделать это в екселе? 0

@Safy01 1 / 1 / 0 Регистрация: 21.05.2018 Сообщений: 37
	23.10.2018, 13:46 [ТС]
	вот что мне ответили на форуме Ovito http://forum.ovito.org/index.php?topic=410.0 понять не могу, куда вставлять эти 2 строчки? и как в итоге будет выглядеть код, можете глянуть, я так поняла, что в версии 3.0 последней графики вроде как должны отображаться заранее благодарю вас за помощь 0

@Safy01 1 / 1 / 0 Регистрация: 21.05.2018 Сообщений: 37
	23.10.2018, 15:10 [ТС]
	ну вот я так и делала, почему то сначала не срабатывало, сейчас все нормально, но буквально сейчас мне написали, что график не нужно строить))) Я очень рада, что есть такой форум, есть Вы, где можно получить помощь и подсказки, не знаю, чтобы я без Вас делала! 0

@Safy01 1 / 1 / 0 Регистрация: 21.05.2018 Сообщений: 37
	10.11.2018, 09:07 [ТС]
	добрый день! я снова нуждаюсь в вашей помощи, касаемо программы Ovito. В модификаторе Координационный анализ написано, что он позволяет определить число атомов на каждой координационной сфере. file:///C:/Program%20Files/Ovito/doc/manual/html/particles.modifiers.coordination_analysi s.html и я с этим затрудняюсь, где я их должна считать. на форуме мне написали: Hello, why don't you use the information you already calculated in your script, i.e. when you calculate the histogram of the different bond lengths? Code: [Select] hist, bin_edges = np.histogram(output.bond_properties.leng th.array, bins=num_bins) -Constanze 0

@megacold 24 / 19 / 6 Регистрация: 10.11.2016 Сообщений: 51
	10.11.2018, 12:07
	http://chemege.ru/chembonds/ Так понимаю, эти переменные hist, bin_edges, и есть длина связи. Еще бы этот документ particles.modifiers.coordination_analysi s.html сюда загрузить. я бы помог, но на моей системе программа не устанавливается) Добавлено через 4 минуты хотя. все-же здесь хранится массив длин output.bond_properties.length.array если перевести: bond_properties = свойства связи length = длина 1

@Safy01 1 / 1 / 0 Регистрация: 21.05.2018 Сообщений: 37
	10.11.2018, 12:07 [ТС]
	я нашла ряд формул, с помощью которых используя данные, полученные в ovito, можно попробовать рассчитать эти координационные числа, я попробую это сделать и если получится нужный результат, то это было б отлично у вас 32 битная система? 0

@megacold 24 / 19 / 6 Регистрация: 10.11.2016 Сообщений: 51
	10.11.2018, 12:09
	Ссылка на сам документ: http://www.ovito.org/manual/pa... lysis.html 0

@Safy01 1 / 1 / 0 Регистрация: 21.05.2018 Сообщений: 37
	10.11.2018, 12:11 [ТС]
	ну вот первый абзац этого документа меня и интересует , где говорится о том что модификатор определяет количество соседей для каждой координационной сферы 0

@megacold 24 / 19 / 6 Регистрация: 10.11.2016 Сообщений: 51
	10.11.2018, 12:36
	Да, у меня 32(( Вот еще ссылка с примерами: http://ovito.org/manual/python... rties.html Добавлено через 1 минуту Модификатор сохраняет результаты в свойстве Coordination частиц Кроме того, модификатор также вычисляет функцию распределения радиальной пары (RDF) системы частиц. RDF g (r) измеряет вероятность нахождения частицы на расстоянии r, учитывая, что в позиции 0 имеется частица; это, по существу, гистограмма межчастичных расстояний. Функция распределения пар нормирована на плотность числа частиц (т. Е. Общее число частиц, деленное на объем ячейки моделирования). Текущая версия модификатора может вычислять только глобальный RDF, игнорирующий типы частиц 0

@Safy01 1 / 1 / 0 Регистрация: 21.05.2018 Сообщений: 37
	10.11.2018, 13:31 [ТС]
	я конечно позже попробую, но это код что то не срабатывает, выдает ошибку 0

@Safy01 1 / 1 / 0 Регистрация: 21.05.2018 Сообщений: 37
	11.11.2018, 17:46 [ТС]
	Привет, расчет у меня выдал какую то ерунду, и вопрос остается открытым..megacold, жаль что вы не можете установить программу и и посмотреть все.. 0