Программа для поиска "substring" то есть фрагментов из текста

import java.io.BufferedReader;
import java.io.FileReader;
import java.io.IOException;
import java.util.Scanner;
 
/*
 * To change this license header, choose License Headers in Project Properties.
 * To change this template file, choose Tools | Templates
 * and open the template in the editor.
 */
 
/**
 *
 * @author Sanan
 */
public class Lab {
    
    static String S;
    static int n ;
    
        public static void main(String[] args) {
            
            Scanner s = new Scanner(System.in);
            
            S=s.next();
            n=findSubStringFromFile(S);
            System.out.println("В файле найдено " +n +" подстрок(и)");
                    
        
    } 
          
                
        static int countOfSubstrings (String stroka,String sub) {
            
            int cout = 0;
            
            for(int i=0;i<stroka.length();i++) {
                for(int j=i;j<stroka.length();j++) {
                    String S1 = stroka.substring(i, j+1);
                    if(S1.equals(sub)) {
                        cout++;
                    }
                }
            }           
            return cout;
        }
        
        static int findSubStringFromFile(String stroka) {
            
            BufferedReader reader = null;
            int sum = 0;
                
            try {
                
                reader = new BufferedReader(new FileReader("input.txt"));
                
                String S = null;
                                
                
                while((S = reader.readLine())!=null) {
                    
                    String [] SS  = S.split("[0-9\\s,.!??!!?-_+=—]+");
                    
                    for(String S1 : SS) {
                            sum+=countOfSubstrings(S1, stroka);
                    }
                            
                }
            }
             catch(IOException e) {
                 e.printStackTrace();
             }
            
            finally {
                try {
                    reader.close();
                } catch (IOException e) {
                    e.printStackTrace();
                }
            }
            
            return sum;
        }
       
}