os.path, а именно join и relpath

import os
import zipfile
 
z = zipfile.ZipFile('123.zip', 'w')
 
for folder, subfolders, files in os.walk('C:\\Users\\Stas\\Documents\\Обучение Python'): 
    for file in files:
        if file.endswith('.py'):
            z.write(os.path.join(folder, file), os.path.relpath(os.path.join(folder,file), 'C:\\Users\\Stas\\Documents\\Обучение Python'))
z.close()

z.write(os.path.join(folder, file), os.path.relpath(os.path.join(folder,file), 'C:\\Users\\Stas\\Documents\\Обучение Python'))

>>> os.path.realpath('scripts')   # каталог Scripts в текущем каталоге
'D:\\INSTALL\\Python38-32\\Scripts'  # получаем полный путь
>>> 
>>> os.path.realpath('.')     # текущий путь
'D:\\INSTALL\\Python38-32' 
>>> os.path.realpath('..')   # путь до родительского каталога
'D:\\INSTALL'
>>> os.path.realpath('../../') # путь выше на два каталога
'D:\\'
>>>

>>> os.path.relpath('D:\\INSTALL\\Python38-32')
'.'
>>>

import os, zipfile
source = r'd:\test'
target = r'd:\3\spam.zip'
 
with  zipfile.ZipFile(target, 'w', zipfile.ZIP_DEFLATED) as arch:
    for root, dirs, files in os.walk(source):
        for tarfile in files:
            if tarfile != '':
                print(root,'|',tarfile) # для отладки
                arch.write(os.path.join(root,tarfile))

z.write(
    os.path.join(folder, file),    # склеиваем в полный путь
    #зачем-то используем второй аргумент функции write <arcname>, когда он нафиг никогда не нужен
    os.path.relpath(
        os.path.join(folder,file),  #опять склевиаем в полный путь. Неужели нельзя сделать это один раз и положить в переменную?
        'C:\\Users\\Stas\\Documents\\Обучение Python')  # стартовый путь относительно которого вычисляем
)

>>> os.path.relpath(
        'C:\\Users\\Stas\\Documents\\Обучение Python\\1234.py',
    start='C:\\Users\\Stas\\Documents\\Обучение Python'
    )
'1234.py' # получаем базовое имя файла. Ну и зачем нам это было нужно?

import os
import zipfile
 
z = zipfile.ZipFile('123.zip', 'w')
path = 'C:\\Users\\Stas\\Documents\\Обучение Python'
 
for folder,subfolder, files in os.walk(path): 
    for file in files:
        z.write(file)
        
z.close()