Unwrapping then printing python list of lists!

@Elsaid · Регистрация: 24.06.2022

Студворк — интернет-сервис помощи студентам

Code
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
startbonds =  [
    [1, 2, 3, 4, 5],
    [2, 1,-10000,-10000,-10000],
    [3, 1,-10000,-10000,-10000],
    [4, 1,-10000,-10000,-10000],
    [5, 1, 6,-10000,-10000],
    [6, 5, 7, 8, 9],
    [7, 6,-10000,-10000,-10000],
    [8, 6,-10000,-10000,-10000],
    [9, 6, 10, 11,12],
    [10, 9,-10000,-10000,-10000],
    [11, 9,-10000,-10000,-10000],
]
midbonds = [
    [1, -2, 2, -10000,-10000],
    [2, 1, 3, 4, 5],
    [3, 2,-10000,-10000,-10000],
    [4, 2,-10000,-10000,-10000],
    [5, 2, 6, 7, 8],
    [6, 5,-10000,-10000,-10000],
    [7, 5,-10000,-10000,-10000],
]
 
endbonds = [
    [1, -2, 2,-10000,-10000],
    [2, 1, 3, 4, 5],
    [3, 2,-10000,-10000,-10000],
    [4, 2,-10000,-10000,-10000],
    [5, 2, 6, 7, 8],
    [6, 5,-10000,-10000,-10000],
    [7, 5,-10000,-10000,-10000],
    [8, 5, 9,-10000,-10000],
    [9, 8,-10000,-10000,-10000]
]
 
 
bonds = startbonds + midbonds + endbonds
 
for i in range(27):
    lineStrco = str("CONECT")
    lineStrco = "{:6s}".format(lineStrco)
    lineStr11 = str(bondos[i])
    lineStr11 = "{:^5s}".format(lineStr11)
    print(lineStrco+lineStr11)

The output:

Code
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
CONECT[1, 2, 3, 4, 5]
CONECT[2, 1, -10000, -10000, -10000]
CONECT[3, 1, -10000, -10000, -10000]
CONECT[4, 1, -10000, -10000, -10000]
CONECT[5, 1, 6, -10000, -10000]
CONECT[6, 5, 7, 8, 9]
CONECT[7, 6, -10000, -10000, -10000]
CONECT[8, 6, -10000, -10000, -10000]
CONECT[9, 6, 10, 11, 12]
CONECT[10, 9, -10000, -10000, -10000]
CONECT[11, 9, -10000, -10000, -10000]
CONECT[1, -2, 2, -10000, -10000]
CONECT[2, 1, 3, 4, 5]
CONECT[3, 2, -10000, -10000, -10000]
CONECT[4, 2, -10000, -10000, -10000]
CONECT[5, 2, 6, 7, 8]
CONECT[6, 5, -10000, -10000, -10000]
CONECT[7, 5, -10000, -10000, -10000]
CONECT[1, -2, 2, -10000, -10000]
CONECT[2, 1, 3, 4, 5]
CONECT[3, 2, -10000, -10000, -10000]
CONECT[4, 2, -10000, -10000, -10000]
CONECT[5, 2, 6, 7, 8]
CONECT[6, 5, -10000, -10000, -10000]
CONECT[7, 5, -10000, -10000, -10000]
CONECT[8, 5, 9, -10000, -10000]
CONECT[9, 8, -10000, -10000, -10000]

I want to remove ',','[' ,']' and every item <= 0
and add 5s spase between the columns
Note: I did it by deviding the bonds into 5 lists then remove every item <= 0

The desired output:

Code
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
CONECT  1    2    3    4    5  
CONECT  2    1                 
CONECT  3    1                 
CONECT  4    1                 
CONECT  5    1    6            
CONECT  6    5    7    8    9  
CONECT  7    6                 
CONECT  8    6                 
CONECT  9    6   10   11   12  
CONECT 10    9                 
CONECT 11    9                 
CONECT 12    9   13            
CONECT 13   12   14   15   16  
CONECT 14   13                 
CONECT 15   13                 
CONECT 16   13   17   18   19  
CONECT 17   16                 
CONECT 18   16                 
CONECT 19   16   20            
CONECT 20   19   21   22   23  
CONECT 21   20                 
CONECT 22   20                 
CONECT 23   20   24   25   26  
CONECT 24   23                 
CONECT 25   23                 
CONECT 26   23   27            
CONECT 27   26

@Elsaid · 27.06.2022, 15:17 **[ТС]**

@Gdez
Thanks, it works!

@Elsaid · 11.07.2022, 18:21 **[ТС]**

Thanks guys!
I have to comment the code for explaination.
Here is my attempt:

Python
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
    n = len(self.bonds) #Number of atoms in the chain
        self.bonds[0] = ['' if e<0 else e for e in self.bonds[0]]#removing every item less than zero
        #making sure that all the items are strings
        chStr =  lambda x: x == - 10000  or  isinstance ( x ,  str ) 
         
        for i in range(1, n):
            tmp = self.bonds[i-1][0] + 1#calling  the first item in bonds
            self.bonds[i] = [tmp if not j 
            else '' if chStr(self.bonds[i][j])#Again remove every element less than zero 
            else self.bonds[i][j] - self.bonds[i][0] + tmp#making sure that the first list will appear
            for j in range(len(self.bonds[i]))]
            
        with  open ( 'linearPEG.pdb' ,  'a' )  as  file :#printing bonds next to 'CONECT' word
             print ('\n'.join(['CONECT'+''.join(['{0:^5}'.format(e) for e in self.bonds[i]]) for i in range(n)]), file=file)

Can you improve my comments?

@Elsaid · 13.07.2022, 01:42 **[ТС]**

????

@Gdez · 13.07.2022, 12:04

Elsaid, Instead of
#making sure that all the items are strings
You must
#verify that the element is not a positive number.
The rest seems to be true

Новые блоги и статьи Все статьи Все блоги /
Про "Windows must die!" kumehtar 04.11.2026 Знаете, чет накатило. . . . Когда-то это было почти боевым кличем: мол, нормальный человек сидит на DOS, OS/ 2 или Linux, а вот это вот - Must Die. А теперь человек произносит «мастдай» с усмешкой - и. . .	Красочные поля с номером страницы svg+background-image russiannick 04.11.2026 Красочные поля с номером страницы не менее важны чем в эпоху бумажных книг. Посему спешу представить почтеннейшей публике этот важный инструмент который эти поля и формирует. В процессе разработки. . .	Вступаем в новую фазу генерации favicons, векторную. russiannick 02.11.2026 Теперь нет нужды скрывать что используется простой svg. Исходный код изображения помещаем в поле и жмем кнопку. Исходник преобразуется в вид корректный для помещения в favicon или в url(). Нажатие. . .	Генератор паролей (вариант №4) Maks 01.11.2026 После публикации 3-го варианта генератора паролей, разослал его своим коллегам (с целью оценки), в итоге были получены следующие рекомендации: 1. Вернуть возможность использования знаков \| 1 l I;. . .
Генератор паролей (вариант №3) Maks 30.10.2026 Финальная версия генератора паролей 1С. Доработка решения в этот раз коснулась только визуальной части, а именно, добавлен реквизит ДопПараметры (тип Булево), который скрывает/ отображает реквизиты:. . .	Магическое мышление и магия, современная наука не отличима от магии (говорит ИИ Джемени) zorxor 30.10.2026 Джемени, расскажи, пожалуйста, что такое магическое мышление, что такое магия, почему современная наука чем-то напоминает магию? Фраза «Любая достаточно развитая технология неотличима от магии». . .	За какое время ИИ может подобрать пароль по хешу (рассказывает Джемени ИИ) zorxor 30.10.2026 Расскажи, Джемени, если известен хэш МД5, например, за сколько ИИ сможет подобрать соответствующий пароль? Искусственный интеллект (ИИ) может подобрать простой или средний по сложности пароль по. . .	Кто убил Suno? Почему наше солнышко погасло? (диалог с ИИ Джемени) zorxor 30.10.2026 Как убивали Suno. Хронология. «Убийство» музыкальной нейросети Suno — это затяжной процесс, в котором технологический хайп стартапа разбился о жесткую реальность судебных исков от гигантов. . .

@Elsaid 0 / 0 / 0 Регистрация: 24.06.2022 Сообщений: 11
	27.06.2022, 15:17 [ТС]
	@Gdez Thanks, it works! 0

@Elsaid 0 / 0 / 0 Регистрация: 24.06.2022 Сообщений: 11
	13.07.2022, 01:42 [ТС]
	???? 0

@Gdez 8851 / 4502 / 1864 Регистрация: 27.03.2020 Сообщений: 7,320
	13.07.2022, 12:04
	Elsaid, Instead of #making sure that all the items are strings You must #verify that the element is not a positive number. The rest seems to be true 0