Unwrapping then printing python list of lists!

@Elsaid · Регистрация: 24.06.2022

Студворк — интернет-сервис помощи студентам

Code
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
startbonds =  [
    [1, 2, 3, 4, 5],
    [2, 1,-10000,-10000,-10000],
    [3, 1,-10000,-10000,-10000],
    [4, 1,-10000,-10000,-10000],
    [5, 1, 6,-10000,-10000],
    [6, 5, 7, 8, 9],
    [7, 6,-10000,-10000,-10000],
    [8, 6,-10000,-10000,-10000],
    [9, 6, 10, 11,12],
    [10, 9,-10000,-10000,-10000],
    [11, 9,-10000,-10000,-10000],
]
midbonds = [
    [1, -2, 2, -10000,-10000],
    [2, 1, 3, 4, 5],
    [3, 2,-10000,-10000,-10000],
    [4, 2,-10000,-10000,-10000],
    [5, 2, 6, 7, 8],
    [6, 5,-10000,-10000,-10000],
    [7, 5,-10000,-10000,-10000],
]
 
endbonds = [
    [1, -2, 2,-10000,-10000],
    [2, 1, 3, 4, 5],
    [3, 2,-10000,-10000,-10000],
    [4, 2,-10000,-10000,-10000],
    [5, 2, 6, 7, 8],
    [6, 5,-10000,-10000,-10000],
    [7, 5,-10000,-10000,-10000],
    [8, 5, 9,-10000,-10000],
    [9, 8,-10000,-10000,-10000]
]
 
 
bonds = startbonds + midbonds + endbonds
 
for i in range(27):
    lineStrco = str("CONECT")
    lineStrco = "{:6s}".format(lineStrco)
    lineStr11 = str(bondos[i])
    lineStr11 = "{:^5s}".format(lineStr11)
    print(lineStrco+lineStr11)

The output:

Code
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
CONECT[1, 2, 3, 4, 5]
CONECT[2, 1, -10000, -10000, -10000]
CONECT[3, 1, -10000, -10000, -10000]
CONECT[4, 1, -10000, -10000, -10000]
CONECT[5, 1, 6, -10000, -10000]
CONECT[6, 5, 7, 8, 9]
CONECT[7, 6, -10000, -10000, -10000]
CONECT[8, 6, -10000, -10000, -10000]
CONECT[9, 6, 10, 11, 12]
CONECT[10, 9, -10000, -10000, -10000]
CONECT[11, 9, -10000, -10000, -10000]
CONECT[1, -2, 2, -10000, -10000]
CONECT[2, 1, 3, 4, 5]
CONECT[3, 2, -10000, -10000, -10000]
CONECT[4, 2, -10000, -10000, -10000]
CONECT[5, 2, 6, 7, 8]
CONECT[6, 5, -10000, -10000, -10000]
CONECT[7, 5, -10000, -10000, -10000]
CONECT[1, -2, 2, -10000, -10000]
CONECT[2, 1, 3, 4, 5]
CONECT[3, 2, -10000, -10000, -10000]
CONECT[4, 2, -10000, -10000, -10000]
CONECT[5, 2, 6, 7, 8]
CONECT[6, 5, -10000, -10000, -10000]
CONECT[7, 5, -10000, -10000, -10000]
CONECT[8, 5, 9, -10000, -10000]
CONECT[9, 8, -10000, -10000, -10000]

I want to remove ',','[' ,']' and every item <= 0
and add 5s spase between the columns
Note: I did it by deviding the bonds into 5 lists then remove every item <= 0

The desired output:

Code
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
CONECT  1    2    3    4    5  
CONECT  2    1                 
CONECT  3    1                 
CONECT  4    1                 
CONECT  5    1    6            
CONECT  6    5    7    8    9  
CONECT  7    6                 
CONECT  8    6                 
CONECT  9    6   10   11   12  
CONECT 10    9                 
CONECT 11    9                 
CONECT 12    9   13            
CONECT 13   12   14   15   16  
CONECT 14   13                 
CONECT 15   13                 
CONECT 16   13   17   18   19  
CONECT 17   16                 
CONECT 18   16                 
CONECT 19   16   20            
CONECT 20   19   21   22   23  
CONECT 21   20                 
CONECT 22   20                 
CONECT 23   20   24   25   26  
CONECT 24   23                 
CONECT 25   23                 
CONECT 26   23   27            
CONECT 27   26

@Gdez · 24.06.2022, 21:52

Elsaid,

Python
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
...
for i in range(27):
    lineStrco = str("CONECT")
    lineStrco = "{:6s}".format(lineStrco)
    #lineStr11 = bonds[i]
    if i > 0:
        tmp = bonds[i-1][0] + 1
        bonds[i] = [tmp if not j 
                    else '' if bonds[i][j] == -10000 
                    else bonds[i][j] - bonds[i][0] + tmp
                    for j in range(len(bonds[i]))]
    lineStr11 = ''.join("{:^5s}".format(str(e)) for e in bonds[i])
    print(lineStrco+lineStr11)

@Elsaid · 25.06.2022, 19:00 **[ТС]**

Thanks for the answer.
it looks good, but it starts from the second row, I need some explanation. I can not speak Russian.

@Aael · 25.06.2022, 21:23

Elsaid,

Python
1
2
for bond in startbonds + midbonds + endbonds:
    print('CONECT ' + ''.join('%-5s' % x for x in bond if x > 0))

@Elsaid · 26.06.2022, 11:31 **[ТС]**

Sorry, I only speak English or Arabic!
It does not work properly. If you can explain a bit in English, it would be nice.

@Gdez · 26.06.2022, 13:09

Elsaid,

Python
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
startbonds =  [
    [1, 2, 3, 4, 5],
    [2, 1,-10000,-10000,-10000],
    [3, 1,-10000,-10000,-10000],
    [4, 1,-10000,-10000,-10000],
    [5, 1, 6,-10000,-10000],
    [6, 5, 7, 8, 9],
    [7, 6,-10000,-10000,-10000],
    [8, 6,-10000,-10000,-10000],
    [9, 6, 10, 11,12],
    [10, 9,-10000,-10000,-10000],
    [11, 9,-10000,-10000,-10000],
]
midbonds = [
    [1, -2, 2, -10000,-10000],
    [2, 1, 3, 4, 5],
    [3, 2,-10000,-10000,-10000],
    [4, 2,-10000,-10000,-10000],
    [5, 2, 6, 7, 8],
    [6, 5,-10000,-10000,-10000],
    [7, 5,-10000,-10000,-10000],
]
 
endbonds = [
    [1, -2, 2,-10000,-10000],
    [2, 1, 3, 4, 5],
    [3, 2,-10000,-10000,-10000],
    [4, 2,-10000,-10000,-10000],
    [5, 2, 6, 7, 8],
    [6, 5,-10000,-10000,-10000],
    [7, 5,-10000,-10000,-10000],
    [8, 5, 9,-10000,-10000],
    [9, 8,-10000,-10000,-10000]
]
 
 
bonds = startbonds + midbonds + endbonds
 
n = len(bonds)
bonds[0] = ['' if e<0 else e for e in bonds[0]]
 
for i in range(1, n):
    tmp = bonds[i-1][0] + 1
    bonds[i] = [tmp if not j 
           else '' if bonds[i][j] == -10000 
           else bonds[i][j] - bonds[i][0] + tmp
                for j in range(len(bonds[i]))]
 
for i in range(n):
    print('CONECT',end='')
    print(*(f'{e:^5}' for e in bonds[i]))

@Elsaid · 26.06.2022, 16:12 **[ТС]**

Thanks a lot for your answer!
It worked perfectly when printing to console, but it doesnot work when printing to file

Python
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
     n = len(self.bonds)
        self.bonds[0] = ['' if e<0 else e for e in self.bonds[0]]
         
        for i in range(1, n):
            tmp = self.bonds[i-1][0] + 1
            self.bonds[i] = [tmp if not j 
            else '' if self.bonds[i][j] == -10000 
            else self.bonds[i][j] - self.bonds[i][0] + tmp
            for j in range(len(self.bonds[i]))]
 
        for i in range(n):
            with open('linearPEG.pdb', 'a') as file:
                file.writelines('CONECT', end='')
                file.writelines(*(f'{e:^5}' for e in self.bonds[i]))

It gives the error:
File ~/.config/spyder-py3/temp.py:579 in <module>
myChain.cleanup()

File ~/.config/spyder-py3/temp.py:300 in cleanup
self.bonds[i] = [tmp if not j

File ~/.config/spyder-py3/temp.py:302 in <listcomp>
else self.bonds[i][j] - self.bonds[i][0] + tmp

TypeError: unsupported operand type(s) for -: 'str' and 'int'

@iSmokeJC · 26.06.2022, 16:21

Elsaid,

Python
1
2
with open('linearPEG.pdb', 'w') as file:
    file.write('\n'.join('CONECT' + ' '.join([f'{e:^5}' for e in bonds[i]]) for i in range(n)))

@Gdez · 26.06.2022, 16:51

iSmokeJC, только вместо ' '.join -> ''.join

@iSmokeJC · 26.06.2022, 16:56

Gdez, ну может быть, я не вникал особо в требования ТСа. Да и не суть, сам подточит как ему надо

@Gdez · 26.06.2022, 17:04

Elsaid,

It gives the error:
File ~/.config/spyder-py3/temp.py:579 in <module>
myChain.cleanup()

File ~/.config/spyder-py3/temp.py:300 in cleanup
self.bonds[i] = [tmp if not j

File ~/.config/spyder-py3/temp.py:302 in <listcomp>
else self.bonds[i][j] - self.bonds[i][0] + tmp

TypeError: unsupported operand type(s) for -: 'str' and 'int'

In your example of an array of data, all lines contain five variables in numeric format.
Perhaps there are empty values in the test (real) data in the form of an empty string?

@Elsaid · 26.06.2022, 18:13 **[ТС]**

@Gdez My data are like the example contain 5 variables in numeric format.
This code prints the desired output to the console, but it gives an error when I print it to a file.

@Gdez · 26.06.2022, 18:24

Elsaid, Well, then use the proposed code from iSmokeJC (comment 8). Only instead of ' ' .join you need ."join

@Elsaid · 26.06.2022, 18:35 **[ТС]**

@Gdez Same error!

@Gdez · 26.06.2022, 19:41

Elsaid, 1. In progress:
2. Result.
3. Online conversion from * .pdb to * txt

@Gdez · 26.06.2022, 19:45

Instead of the first snapshot, you need (tested writing to a txt file)

@Elsaid · 26.06.2022, 21:19 **[ТС]**

@Gdez
I got this error:
File ~/.config/spyder-py3/temp.py:307
print('\n'.join(['CONECT'+''.join(['{0:^5}'.format(e) for e in self.bonds[i]])for i in range(n)])file=file)
^
SyntaxError: invalid syntax

I printed to txt file like you suggested:

Python
1
2
        with  open ( 'A1EG..txt' ,  'w' )  as  file :
            print('\n'.join(['CONECT'+''.join(['{0:^5}'.format(e) for e in self.bonds[i]])for i in range(n)])file=file)

@iSmokeJC · 26.06.2022, 23:12

Elsaid, you forgot a comma before the file parameter
range(n)]), file=file)

@Elsaid · 26.06.2022, 23:25 **[ТС]**

Gives error:

Python
1
2
3
4
5
6
7
File ~/.config/spyder-py3/temp.py:300 in cleanup
    self.bonds[i] = [tmp if not j
 
  File ~/.config/spyder-py3/temp.py:302 in <listcomp>
    else self.bonds[i][j] - self.bonds[i][0] + tmp
 
TypeError: unsupported operand type(s) for -: 'str' and 'int'

@Gdez · 27.06.2022, 02:08

Elsaid, The error shows that the source arrays have a string data type, as I wrote above.
Try that then:

Python
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
startbonds =  [
    [1, 2, 3, 4, 5],
    [2, 1,-10000,-10000,-10000],
    [3, 1,-10000,-10000,-10000],
    [4, 1,-10000,-10000,-10000],
    [5, 1, 6,-10000,-10000],
    [6, 5, 7, 8, 9],
    [7, 6,-10000,-10000,-10000],
    [8, 6,-10000,-10000,-10000],
    [9, 6, 10, 11,12],
    [10, 9,-10000,-10000,-10000],
    [11, 9,-10000,-10000,-10000],
]
midbonds = [
    [1, -2, 2, -10000,-10000],
    [2, 1, 3, 4, 5],
    [3, 2,-10000,-10000,-10000],
    [4, 2,-10000,-10000,-10000],
    [5, 2, 6, 7, 8],
    [6, 5,-10000,-10000,-10000],
    [7, 5,-10000,-10000,-10000],
]
 
endbonds = [
    [1, -2, 2,-10000,-10000],
    [2, 1, 3, 4, 5],
    [3, 2,-10000,-10000,-10000],
    [4, 2,-10000,-10000,-10000],
    [5, 2, 6, 7, 8],
    [6, 5,-10000,-10000,-10000],
    [7, 5,-10000,-10000,-10000],
    [8, 5, 9,-10000,-10000],
    [9, 8,-10000,-10000,-10000]
]
 
 
bonds = startbonds + midbonds + endbonds
 
n = len(bonds)
bonds[0] = ['' if e==-10000 else e for e in bonds[0]]
###Added check for string type
que = lambda x: x == -10000 or isinstance(x, str)
###
for i in range(1, n):
    tmp = bonds[i-1][0] + 1
    bonds[i] = [tmp if not j 
           else '' if que(bonds[i][j])
           else bonds[i][j] - bonds[i][0] + tmp
                for j in range(len(bonds[i]))]
 
with open('linearPEG.pdb', 'w') as file:
    print('\n'.join(['CONECT'+''.join(['{0:^5}'.format(e) for e in bonds[i]]) for i in range(n)]), file=file)

Новые блоги и статьи Все статьи Все блоги /
PhpStorm 2025.3: WSL Terminal всегда стартует в ~ and_y87 14.12.2025 PhpStorm 2025. 3: WSL Terminal всегда стартует в ~ (home), игнорируя директорию проекта Симптом: После обновления до PhpStorm 2025. 3 встроенный терминал WSL открывается в домашней директории. . .	Access VikBal 11.12.2025 Помогите пожалуйста !! Как объединить 2 одинаковые БД Access с разными данными.	Новый ноутбук volvo 07.12.2025 Всем привет. По скидке в "черную пятницу" взял себе новый ноутбук Lenovo ThinkBook 16 G7 на Амазоне: Ryzen 5 7533HS 64 Gb DDR5 1Tb NVMe 16" Full HD Display Win11 Pro	Музыка, написанная Искусственным Интеллектом volvo 04.12.2025 Всем привет. Некоторое время назад меня заинтересовало, что уже умеет ИИ в плане написания музыки для песен, и, собственно, исполнения этих самых песен. Стихов у нас много, уже вышли 4 книги, еще 3. . .	От async/await к виртуальным потокам в Python IndentationError 23.11.2025 Армин Ронахер поставил под сомнение async/ await. Создатель Flask заявляет: цветные функции - провал, виртуальные потоки - решение. Не threading-динозавры, а новое поколение лёгких потоков. Откат?. . .
Поиск "дружественных имён" СОМ портов Argus19 22.11.2025 Поиск "дружественных имён" СОМ портов На странице: https:/ / norseev. ru/ 2018/ 01/ 04/ comportlist_windows/ нашёл схожую тему. Там приведён код на С++, который показывает только имена СОМ портов, типа,. . .	Сколько Государство потратило денег на меня, обеспечивая инсулином. Programma_Boinc 20.11.2025 Сколько Государство потратило денег на меня, обеспечивая инсулином. Вот решила сделать интересный приблизительный подсчет, сколько государство потратило на меня денег на покупку инсулинов. . . .	Ломающие изменения в C#.NStar Alpha Etyuhibosecyu 20.11.2025 Уже можно не только тестировать, но и пользоваться C#. NStar - писать оконные приложения, содержащие надписи, кнопки, текстовые поля и даже изображения, например, моя игра "Три в ряд" написана на этом. . .	Мысли в слух kumehtar 18.11.2025 Кстати, совсем недавно имел разговор на тему медитаций с людьми. И обнаружил, что они вообще не понимают что такое медитация и зачем она нужна. Самые базовые вещи. Для них это - когда просто люди. . .	Создание Single Page Application на фреймах krapotkin 16.11.2025 Статья исключительно для начинающих. Подходы оригинальностью не блещут. В век Веб все очень привыкли к дизайну Single-Page-Application . Быстренько разберем подход "на фреймах". Мы делаем одну. . .

@Elsaid 0 / 0 / 0 Регистрация: 24.06.2022 Сообщений: 11
	25.06.2022, 19:00 [ТС]
	Thanks for the answer. it looks good, but it starts from the second row, I need some explanation. I can not speak Russian. 0

@Elsaid 0 / 0 / 0 Регистрация: 24.06.2022 Сообщений: 11
	26.06.2022, 11:31 [ТС]
	Sorry, I only speak English or Arabic! It does not work properly. If you can explain a bit in English, it would be nice. 0

@Gdez 8840 / 4492 / 1864 Регистрация: 27.03.2020 Сообщений: 7,312
	26.06.2022, 16:51
	iSmokeJC, только вместо ' '.join -> ''.join 1

@iSmokeJC 19530 / 11067 / 2931 Регистрация: 21.10.2017 Сообщений: 23,294
	26.06.2022, 16:56
	Gdez, ну может быть, я не вникал особо в требования ТСа. Да и не суть, сам подточит как ему надо 0

@Elsaid 0 / 0 / 0 Регистрация: 24.06.2022 Сообщений: 11
	26.06.2022, 18:13 [ТС]
	@Gdez My data are like the example contain 5 variables in numeric format. This code prints the desired output to the console, but it gives an error when I print it to a file. 0

@Gdez 8840 / 4492 / 1864 Регистрация: 27.03.2020 Сообщений: 7,312
	26.06.2022, 18:24
	Elsaid, Well, then use the proposed code from iSmokeJC (comment 8). Only instead of ' ' .join you need ."join 0

@Elsaid 0 / 0 / 0 Регистрация: 24.06.2022 Сообщений: 11
	26.06.2022, 18:35 [ТС]
	@Gdez Same error! 0

@Gdez 8840 / 4492 / 1864 Регистрация: 27.03.2020 Сообщений: 7,312
	26.06.2022, 19:41
	Elsaid, 1. In progress: 2. Result. 3. Online conversion from * .pdb to * txt Миниатюры 0

@Gdez 8840 / 4492 / 1864 Регистрация: 27.03.2020 Сообщений: 7,312
	26.06.2022, 19:45
	Instead of the first snapshot, you need (tested writing to a txt file) Миниатюры 0

@iSmokeJC 19530 / 11067 / 2931 Регистрация: 21.10.2017 Сообщений: 23,294
	26.06.2022, 23:12
	Elsaid, you forgot a comma before the file parameter range(n)]), file=file) 0