Pysam

@Akane-ch · Регистрация: 25.02.2020

Студворк — интернет-сервис помощи студентам

Добрый день!
Подскажите, может кто знает как справиться с этой проблемой.
Я работаю с Pysam, с функцией pileup, аналогичная функция есть в инструменте samtools, для того, чтобы сделать вывод в таком же виде, как в samtools (что мне и надо), нужно поставить у pileupcolumn.get_query_sequences значения mark_matches=True, add_indels=True.
И тогда по идее там должны выводиться запятые/точки, совпало ли с референсом (правильным значением в позиции) или нет.

mark_matches (bool) – If True, output bases matching the reference as “,” or “.” for forward and reverse strand, respectively. This mark requires the reference sequence. If no reference is present, this option is ignored.
То есть, чтобы это заработало, необходима reference sequence, та самая референсная последовательность, однако как и где её можно указать, нигде не написано, может кто-нибудь знает, где путь к ней надо прописать?

Вот мой код, если что:

Python
1
2
3
4
5
6
7
samfile = pysam.AlignmentFile(sampathsort, "rb")
 
for pileupcolumn in samfile.pileup("chr1",1000,12000):
    print ("\ncoverage at base %s = %s" %
           (pileupcolumn.pos, pileupcolumn.n))
    for query_seq in pileupcolumn.get_query_sequences(mark_matches=True, add_indels=True):
        print(query_seq)

Новые блоги и статьи Все статьи Все блоги /
Автозаполнение реквизита при выборе элемента справочника Maks 27.03.2026 Программный код из решения ниже на примере нетипового документа "ЗаявкаНаРемонтСпецтехники" разработанного в конфигурации КА2. При выборе "Спецтехники" (Тип Справочник. Спецтехника), заполняется. . .	Сумматор с применением элементов трёх состояний. Hrethgir 26.03.2026 Тут. https:/ / fips. ru/ EGD/ ab3c85c8-836d-4866-871b-c2f0c5d77fbc Первый документ красиво выглядит, но без схемы. Это конечно не даёт никаких плюсов автору, но тем не менее. . . всё может быть. . .	Автозаполнение реквизитов при создании документа Maks 26.03.2026 Программный код из решения ниже размещается в модуле объекта документа, в процедуре "ПриСозданииНаСервере". Алгоритм проверки заполнения реализован для исключения перезаписи значения реквизита,. . .	Команды формы и диалоговое окно Maks 26.03.2026 1. Команда формы "ЗаполнитьЗапчасти". Программный код из решения ниже на примере нетипового документа "ЗаявкаНаРемонтСпецтехники" разработанного в конфигурации КА2. В качестве источника данных. . .
Кому нужен AOT? DevAlt 26.03.2026 Решил сделать простой ланчер Написал заготовку: dotnet new console --aot -o UrlHandler var items = args. Split(":"); var tag = items; var id = items; var executable = args;. . .	Отправка уведомления на почту при изменении наименования справочника Maks 24.03.2026 Программная отправка письма электронной почты на примере изменения наименования типового справочника "Склады" в конфигурации БП3. Перед реализацией необходимо выполнить настройку системной учетной. . .	модель ЗдравоСохранения 5. Меньше увольнений- больше дохода! anaschu 24.03.2026 Теперь система здравосохранения уменьшает количество увольнений. 9TO2GP2bpX4 a42b81fb172ffc12ca589c7898261ccb/ https:/ / rutube. ru/ video/ a42b81fb172ffc12ca589c7898261ccb/ Слева синяя линия -. . .	Midnight Chicago Blues kumehtar 24.03.2026 Такой Midnight Chicago Blues, знаешь?. . Когда вечерние улицы становятся ночными, а ты не можешь уснуть. Ты идёшь в любимый старый бар, и бармен наливает тебе виски. Ты смотришь на пролетающие. . .