Чем плох make?

Единственное,  make файл ненадежный, он более рассчитан для обучения, а не для использования  в реальных проектах. К  “большим” минусам make файла можно отнести:
- Низкую надежность при сборке больших проектов, Ваша программа может просто упасть и будет       не совсем ясно какова причина т.е. виноват make или написанная вами программа.
- Отсутствие возможности запускать несколько make’ов параллельно. Когда они попытаются компилировать одни и те же файлы. Скорее всего, даже оба аварийно завершат работу.
- После неудачной сборки дальнейшие инкрементальные перекомпиляции могут быть    ненадёжными т.е. при повторном запуске make может посчитать, что файл уже не требует перекомпиляции и попытается использовать его, что может привести к странному результату.
- Производительность растет квадратично(приблизительно) к росту проекта(личные наблюдения).
Для сборки больших(и не очень) проектов используются более современные утилиты, такие как CMake, qmake, Maven(для Java), QBS или используют IDE, например, недавно вышедшая кросс-платформенная C/C++ IDE, которая изначально поддерживает CMake.

В добавок, СMake, который ты уехал, делает одно - make-файлы. 
В больших проектах пишут обобщенные мake'и и хорошо себя чувствуют. 
Пункт про запуск нескольких процессов вообще к чему? Многоядерная компиляция запускается через ключ, если имелось ввиду это