Расшифровка (перестановка по ключу)

#include <stdio.h> 
#include <string.h> 
#include <conio.h>
#include <stdlib.h>
#include <windows.h>
#include <iostream>
#pragma warning(disable : 4996)
void cipher(int i, int c);
int findMin();
char arr[1000][1000], emessage[1000], key[1000], temp[1000];
int k = 0;
int main() {
    setlocale(LC_ALL, "Russian");
    system("chcp 1251");
    char message[1000];
    int i, j, klen, flag = 0;
    int r, c, index;
    system("cls");
    printf("Введите ключ: ");
    fflush(stdin);
    gets_s(key);
    printf("Введите сообщение: ");
    fflush(stdin);
    gets_s(message);
    strcpy(temp, key);
    klen = strlen(key);
    k = 0;
    for (i = 0;; i++) {
        if (flag == 1)
            break;
        for (j = 0; key[j] != NULL; j++) {
            if (message[k] == NULL) {
                flag = 1;
                arr[i][j] = ' ';
            }
            else {
                arr[i][j] = message[k++];
            }
        }
    }
    r = i;
    c = j;
    for (i = 0; i < r; i++) {
        for (j = 0; j < c; j++) {
            printf("%c ", arr[i][j]);
        }
        printf("\n");
    }
    k = 0;
    for (i = 0; i < klen; i++) {
        index = findMin();
        cipher(index, r);
    }
    emessage[k] = '\0';
    printf("\nРасшифрованное сообщение: ");
    for (i = 0; emessage[i] != NULL; i++)
    if (emessage[i] != ' ')
        printf("%c", emessage[i]);
    printf("\n");
    _getch();
    return(0);
}
void cipher(int i, int r) {
    int j;
    for (j = 0; j < r; j++) {
        {
            emessage[k++] = arr[j][i];
        }
    }
}
int findMin() {
    int i, j, min, index;
    min = temp[0];
    index = 0;
    for (j = 0; temp[j] != NULL; j++) {
        if (temp[j] < min) {
            min = temp[j];
            index = j;
        }
    }
    temp[index] = 123;
    return(index);
}