Преобразовать описание вхождение папок

package reconstrPathTreeFolder;
 
import java.io.IOException;
import java.nio.file.Paths;
import java.util.*;
 
class ReaderPath {
    private List<Branch> mixBrnches = new  ArrayList<>();
 
    ReaderPath(String souceFileName) {
        fillMixBrnches(souceFileName);
    }
 
    private void fillMixBrnches(String fileSrc) {
        Branch tmpBrnc;
        try {
            Scanner fileReader = new Scanner(Paths.get(fileSrc));
            while (fileReader.hasNext()) {
                tmpBrnc = new Branch(fileReader.nextLine().replaceAll("\\s", ""));
                mixBrnches.add(tmpBrnc);
            }
        } catch (IOException e) {
            e.printStackTrace();
        }
    }
 
    void setFlagShow() {
        for (int i = 0; i < mixBrnches.size(); i++) {
            for (int j = i + 1; j < mixBrnches.size() - 1; j++) {
               if (mixBrnches.get(i).getName().contains(mixBrnches.get(j).getName()))
                   mixBrnches.get(j).setFlagShow(false);
               else if (mixBrnches.get(j).getName().contains(mixBrnches.get(i).getName()))
                   mixBrnches.get(i).setFlagShow(false);
            }
        }
    }
 
    int getIndexOverlap(String soursePath, String patermPath) {
        String leftSideSecndBr = patermPath.split("<")[0];
        int retIndex = 0;
        String [] tmpArr = soursePath.split("<");
        for (int i = tmpArr.length - 1; i >= 0; i--) {
            retIndex += tmpArr[i].length() + 1;
            if (leftSideSecndBr.equals(tmpArr[i]))
                return soursePath.length() - retIndex + 1;
        }
        return -1;
    }
 
    void searchMotherBranch() {
        String tmpStr;
        int ovrlTmpIndx = -1;
        for (int i = 0; i < mixBrnches.size(); i++) {
            for (int j = 0; j < mixBrnches.size(); j++) {
                if (j != i)
                    ovrlTmpIndx = getIndexOverlap(mixBrnches.get(i).getName(), mixBrnches.get(j).getName());
                if (ovrlTmpIndx != -1) {
                    tmpStr = reconstrPartPathes(mixBrnches.get(i).getName(), ovrlTmpIndx, mixBrnches.get(j).getName());
                    mixBrnches.get(j).resetName(tmpStr);
                }
            }
        }
        setFlagShow();
    }
 
    String reconstrPartPathes(String firstPartPath, final int firstPathCutIndex, String secondPartPath) {
        if (firstPathCutIndex != -1) {
            return firstPartPath.substring(0, firstPathCutIndex).concat(secondPartPath);
        }
        return null;
    }
 
    void showRecPath() {
        for (Branch tmp : mixBrnches)
            if (tmp.isFlagShow())
                System.out.println(tmp.getName());
    }
 
    public static void main(String[] args) {
        ReaderPath rp = new ReaderPath("input.txt");
        rp.searchMotherBranch();
        rp.showRecPath();
    }
}
//#####
package reconstrPathTreeFolder;
 
public class Branch {
    private String name;
    private boolean flagShow = true;
 
    Branch(String name) {
        this.name = name;
    }
 
    public String getName() {
        return name;
    }
 
    public void resetName(String name) {
        this.name = name;
    }
 
    public boolean isFlagShow() {
        return flagShow;
    }
 
    public void setFlagShow(boolean flagShow) {
        this.flagShow = flagShow;
    }
}