Удалить все объекты и создать объекты - потомки

public Transform Elem; //элемент на плоскости
public Transform Plane; //плоскость
...
void Method{
            Plate.transform.localScale = new Vector3(plane.Width, plane.Height, 1); //plane и elem - объекты других классов
            Instantiate(Plane, new Vector3(0, 0, 2), Quaternion.identity);
            for (int i = 0; i < N; i++)
            {
                Elem.transform.localScale = new Vector3(elem[i].Width, elem[i].Height, 1);
                Instantiate(Elem, new Vector3(Input.km[i].x, Input.km[i].y, 1), Quaternion.identity);
            }
}

    
//Удаляем дочерние объекты
        Transform Plane;
        int n = Plane.childCount;
        for (int i = 0; i < n; i++) {
            Destroy (Plane.GetChild (i).gameObject);
        }
//Устанавливаем родителя 
        Transform Elem;
        Elem = Instantiate (Elem, new Vector3 (Input.km [i].x, Input.km [i].y, 1), Quaternion.identity);
        Elem.SetParent (Plane);

Elem.SetParent (Plane);

    public Transform Plane_prefab;
            Transform Plane;
...
void Method{
...
            Destroy(Plane);
            Plane= Instantiate(Plane_prefab, new Vector3(0, 0, 2), Quaternion.identity) as Transform;
            Plane.transform.localScale = new Vector3(PP.Width, PP.Height, 1);
 
  for (int i = 0; i < Input.N; i++)
            {
                Elem = Instantiate(Elem_prefab) as Transform;
                ...
                Elem.parent = Plane;
            }
...
}

if (Plane != null)
            Destroy(Plane.gameObject);