Дан массив 3х3, записанный в файле.

 private void button1_Click(object sender, EventArgs e)
        {
            int i = 1;// вторая строка
             int j = 2;// третья колонка
            int num = 777;// число, которое будем записывать;
            string path = @"d:\test.txt";// путь к файлу
            // читаем файл по строкам и записываем в массив
            string[] readText = System.IO.File.ReadAllLines(path, Encoding.Default);
            // разбиваем нужную строку, используя пробел в качестве разделителя
            string[] Text = readText[i].Split();
            //присваиваем нужное значение в выбранной колонке
             Text[j] = num.ToString();
            // меняем строку на новую, сцепив подстроки через пробел
             readText[i] = string.Join(" ",Text);
            // переписываем файл 
             using (System.IO.StreamWriter file = new System.IO.StreamWriter(path, false))
             {
                 foreach(string s in readText)
                     file.WriteLine(s);
             }
        }